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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000420

染色体: Chr02 坐标: 5325009-5328111 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000420
名称SmilChr02G000420
描述uncharacterized SmilChr02G000420
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向5325009 - 5328111 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007887
GeneID131007887
locus_tag-
NCBI NameLOC131007887
原始查询SmilChr02G000420

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述heat shock protein 70 (Hsp 70) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827367]; symbol=AT4G16660; hit=AT4G16660; species=arabidopsis; confidence=low
产物heat shock protein 70 (Hsp 70) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827367]; symbol=AT4G16660; hit=AT4G16660; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT4G16660 (AT4G16660)
heat shock protein 70 (Hsp 70) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827367]
identity=47.7; qcov=0.344; evalue=7.57e-17; confidence=low
RiceOs02g0710900
-
identity=61.1; qcov=0.211; evalue=1.63e-14; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007887

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057790782.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057790782.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057790782.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790782.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790782.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:5326056 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B26,C6
Chr2:5326076 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C58
Chr2:5326103 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B101
Chr2:5326106 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr2:5326125 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A25,C29
Chr2:5326126 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B101
Chr2:5326146 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B5
Chr2:5326148 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,C53,D11
Chr2:5326196 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B54
Chr2:5326218 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B102,B55
Chr2:5326223 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 1 C20
Chr2:5326223 T TC 1bp_insertion CDS_variant 1 C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934799.1
ATGGGCTATCCAGCAGCCGCTGCCCCCTTCTCCTTCCCGTCGCCACGCCGCCCGTCAGCCCGCCGCCGCCGCGCGCTAGGAGCAGCGACGCCGACGACGTCGCGCGTCCGGTGGTCTTCACGCCGGTCGCGGCTCGAAGCTGCGTCGGAGGGCGTATTCAGCGGAGGAAGAAGCGGCGCTCTCGCCGCGAGCGCGCAGGTCGCCGCGCGAGACCACCACCGGTGCGACGCCTCTTGCGTCGTCTCGCCACCACCGGACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007887
ATGGGCTATCCAGCAGCCGCTGCCCCCTTCTCCTTCCCGTCGCCACGCCGCCCGTCAGCCCGCCGCCGCCGCGCGCTAGGAGCAGCGACGCCGACGACGTCGCGCGTCCGGTGGTCTTCACGCCGGTCGCGGCTCGAAGCTGCGTCGGAGGGCGTATTCAGCGGAGGAAGAAGCGGCGCTCTCGCCGCGAGCGCGCAGGTCGCCGCGCGAGACCACCACCGGTGCGACGCCTCTTGCGTCGTCTCGCCACCACCGGACTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790782.1
MGYPAAAAPFSFPSPRRPSARRRRALGAATPTTSRVRWSSRRSRLEAASEGVFSGGRSGALAASAQVAARDHHRCDASCVVSPPPDSKTELAGLLKRCSGRRLEATTHRDATSGRWSGAAHRRAPSHRRRLVHQGGRLGSGEWPSKVLRGADKFKTWLSDKEAVQQKTTAFSKPAFTSDQVYDKILDLQDKVASVNRTPKPKPKVEKPAKVETENGDDKANSTDSASEETTSAKDQTTTESDDVEAETESNGHDEL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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