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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000467

染色体: Chr02 坐标: 6297501-6300239 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000467
名称SmilChr02G000467
描述uncharacterized SmilChr02G000467
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向6297501 - 6300239 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012839
GeneID131012839
locus_tag-
NCBI NameLOC131012839
原始查询SmilChr02G000467

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820741]; symbol=AT3G15110; hit=AT3G15110; species=arabidopsis; confidence=high
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820741]; symbol=AT3G15110; hit=AT3G15110; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G15110 (AT3G15110)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820741]
identity=55.3; qcov=0.896; evalue=1.51e-86; confidence=high
RiceOs02g0307800
-
identity=64.4; qcov=0.647; evalue=2.79e-67; confidence=high
GOGO:0009535 (chloroplast thylakoid membrane)
KEGG-
PfamPF11282 (DUF3082)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012839

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057796809.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057796809.1
3 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.80000 XP_057796809.1
4 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.80000 XP_057796809.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796809.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:6297847 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr2:6297859 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr2:6298703 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr2:6298706 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C74,D2
Chr2:6299793 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr2:6299942 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr2:6300084 T TAA 2bp_insertion frameshift_variant 167 A1,A11,A13,A15,A16,A18,A2,A20,A21,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A9,B1,B100,B101,B102,B103,B104,B108,B112,B115,B118,B120,B121,B124,B125,B127,B128,B131,B132,B134,B136,B14,B140,B18,B19,B2,B20,B22,B23,B24,B26,B27,B3,B30,B33,B34,B37,B40,B41,B42,B43,B46,B48,B49,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B63,B64,B65,B68,B69,B7,B70,B72,B75,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B89,B9,B90,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C18,C2,C21,C23,C25,C26,C32,C35,C37,C4,C42,C43,C44,C45,C46,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C57,C58,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C68,C69,C71,C72,C73,C74,C76,C77,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C87,D10,D11,D2,D4,D6,D8,D9
Chr2:6300145 CAT C 2bp_deletion frameshift_variant 169 A1,A11,A13,A15,A16,A18,A2,A20,A21,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A9,B1,B100,B101,B103,B104,B108,B112,B115,B118,B120,B121,B124,B125,B127,B128,B131,B132,B134,B136,B14,B140,B16,B18,B19,B2,B20,B22,B23,B24,B26,B27,B3,B30,B32,B33,B34,B37,B40,B41,B42,B43,B46,B48,B49,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B63,B64,B65,B68,B69,B7,B70,B72,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C18,C2,C21,C23,C25,C26,C32,C35,C36,C37,C4,C42,C43,C44,C45,C46,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C57,C58,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C68,C69,C70,C71,C72,C73,C74,C76,C77,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C87,D10,D11,D2,D4,D6,D8,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796809.1
317 aa
N
1
158
317
DUF3082
C
PF11282 DUF3082 197-274 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796809.1 Pfam PF11282 DUF3082 Family 197 274 6e-29 100.8 Protein of unknown function (DUF3082)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940826.1
ATGATTACTTAAATAGAAACCGATCAGAAAAAGTGTGACAACTCCGAAAGAAATGCTATGCCAAATCAAATACGGGGTACCATTTTATTGATATGGTATAGAGTTCCGAATTCAAACAGGTGTAAATGCAGCAGTGAAGAAATTCAAAAGAAATTATCCAAGAATTTAATCCCCGACGACCAGATGTTGCTGACTCAGCAGCAGCTCCGCCACTTCTCCGCCCCAAATACCCTTCTCCGTCCACTTTCTCCTTTCCCATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012839
ATGCCAAATCAAATACGGGGTACCATTTTATTGATATGGTATAGAGTTCCGAATTCAAACAGGTGTAAATGCAGCAGTGAAGAAATTCAAAAGAAATTATCCAAGAATTTAATCCCCGACGACCAGATGTTGCTGACTCAGCAGCAGCTCCGCCACTTCTCCGCCCCAAATACCCTTCTCCGTCCACTTTCTCCTTTCCCATTCTCGCATTCCTTCAATTTTCCCTCAAGGCCCTCCAAGCATTGCAGCCGCTGCTCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796809.1
MPNQIRGTILLIWYRVPNSNRCKCSSEEIQKKLSKNLIPDDQMLLTQQQLRHFSAPNTLLRPLSPFPFSHSFNFPSRPSKHCSRCSTRKIWIAQLSEEPTTATSTTTSPPEEGPIELPPSTSSLFATDDNPTPLQTATSVLLTGAITVFLFRSIRRRAKRAKETKFRSSGEKKSLTEEALESLKSVTLSPADRKSPPSPVQAFLGAVAAGVLALILYKFTTTIEASLNRQTIPDNYSVRQITITIRTIINGLCYLATFVF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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