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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000480

染色体: Chr02 坐标: 6584781-6586515 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000480
名称SmilChr02G000480
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g16640, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向6584781 - 6586515 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012849
GeneID131012849
locus_tag-
NCBI NameLOC131012849
原始查询SmilChr02G000480

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g16640, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g16640%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT5G16640 (AT5G16640)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831526]
identity=32.1; qcov=1.08; evalue=9.52e-86; confidence=low
RiceOs03g0165100
-
identity=31.8; qcov=0.848; evalue=1.5e-64; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012849

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057796821.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796821.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796821.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796821.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796821.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:6584858 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B48,C44,C83,D2,D7
Chr2:6584859 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,C3
Chr2:6584866 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr2:6584931 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,D7
Chr2:6584952 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,D7
Chr2:6584956 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:6585002 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 A19,B117,B7,B74,D4
Chr2:6585002 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B117,B7,B74,D4
Chr2:6585013 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B5
Chr2:6585043 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr2:6585236 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,D10
Chr2:6585237 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,B2,B91,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796821.1
474 aa
N
1
237
474
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_long
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
PPR
C
PF13812 PPR_3 63-120 aa PF01535 PPR 77-105 aa PF13041 PPR_2 109-155 aa PF12854 PPR_1 140-168 aa PF01535 PPR 146-172 aa PF12854 PPR_1 180-208 aa PF13041 PPR_2 181-226 aa PF01535 PPR 184-212 aa PF13812 PPR_3 203-261 aa PF12854 PPR_1 210-240 aa PF13041 PPR_2 214-263 aa PF01535 PPR 217-247 aa PF17177 PPR_long 238-370 aa PF12854 PPR_1 246-277 aa PF13041 PPR_2 249-297 aa PF01535 PPR 252-282 aa PF13812 PPR_3 273-332 aa PF12854 PPR_1 280-310 aa PF13041 PPR_2 284-333 aa PF01535 PPR 287-317 aa PF13812 PPR_3 308-363 aa PF12854 PPR_1 316-346 aa PF01535 PPR 322-352 aa PF13041 PPR_2 324-366 aa PF13812 PPR_3 343-400 aa PF12854 PPR_1 350-383 aa PF13041 PPR_2 355-403 aa PF01535 PPR 357-384 aa PF12854 PPR_1 388-417 aa PF01535 PPR 393-422 aa PF01535 PPR 429-457 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796821.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 63 120 4e-42 142.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057796821.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 77 105 6.3e-69 224.3 PPR repeat
XP_057796821.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 109 155 2.5e-110 361.2 PPR repeat family
XP_057796821.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 140 168 2.5e-86 283.8 PPR repeat
XP_057796821.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 146 172 6.3e-69 224.3 PPR repeat
XP_057796821.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 180 208 2.5e-86 283.8 PPR repeat
XP_057796821.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 181 226 2.5e-110 361.2 PPR repeat family
XP_057796821.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 184 212 6.3e-69 224.3 PPR repeat
XP_057796821.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 203 261 4e-42 142.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057796821.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 210 240 2.5e-86 283.8 PPR repeat
XP_057796821.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 214 263 2.5e-110 361.2 PPR repeat family
XP_057796821.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 217 247 6.3e-69 224.3 PPR repeat
XP_057796821.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 238 370 1.3e-18 67.9 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057796821.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 246 277 2.5e-86 283.8 PPR repeat
XP_057796821.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 249 297 2.5e-110 361.2 PPR repeat family
XP_057796821.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 252 282 6.3e-69 224.3 PPR repeat
XP_057796821.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 273 332 4e-42 142.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057796821.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 280 310 2.5e-86 283.8 PPR repeat
XP_057796821.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 284 333 2.5e-110 361.2 PPR repeat family
XP_057796821.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 287 317 6.3e-69 224.3 PPR repeat
XP_057796821.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 308 363 4e-42 142.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057796821.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 316 346 2.5e-86 283.8 PPR repeat
XP_057796821.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 322 352 6.3e-69 224.3 PPR repeat
XP_057796821.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 324 366 2.5e-110 361.2 PPR repeat family
XP_057796821.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 343 400 4e-42 142.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057796821.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 350 383 2.5e-86 283.8 PPR repeat
XP_057796821.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 355 403 2.5e-110 361.2 PPR repeat family
XP_057796821.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 357 384 6.3e-69 224.3 PPR repeat
XP_057796821.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 388 417 2.5e-86 283.8 PPR repeat
XP_057796821.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 393 422 6.3e-69 224.3 PPR repeat
XP_057796821.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 429 457 6.3e-69 224.3 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940838.1
AAATAATAGAAAATGATCATTCTCCTAAAAAAAGGACGATTTCTTAAAATATTACACAAAAACGAGCTGATGAACAGGAGAATCACAAATTTGGTGTTGGAGAAGAGCAATGTGTTGAAATTTCATTTTTTTTTTCTTCTTTCTTTTTCTTTTAGTTTGAGGGTTGGATTGAGGTAATTGTTGAGTTAGGGTTTAAATCTGAGTTTCAAAAAGATTTCTCAGAATCCAAATCTCGTTGAAGAAGATGAGGGCTTCTGCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012849
ATGAGGGCTTCTGCAACAGCTCTCATTCGCAGAGGAATTGGTGTTAAATTCGGTACTCTGACTCATCCATTCTCTCTCTACCCTTCTGATCTGCGTAATGTCGGTTTCCAAGGTACGAGACATTTCTCATCTATGCTCAGAGTAGATTTCAGTTGTTTAAACGACATACATTTCGCTCGTTTCCTGTTTCGTGAAATGATGAGAGTTAGGCCACGGCCTTGTCATTCCATGTTCAACAAACTGCTGAATGCTGTTGTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796821.1
MRASATALIRRGIGVKFGTLTHPFSLYPSDLRNVGFQGTRHFSSMLRVDFSCLNDIHFARFLFREMMRVRPRPCHSMFNKLLNAVVKMEEYTTALYMFDEMRQLGGPIDLCTMNIIINCYCLVNRVNFGFAMLGCILKLGYEPDVVTFTTLVKGLSLSDKVVEAENLFLYLLDHNLSVTDEVMLRTLINALCKEGRVEEAEHVLKVMVMRNISPDVITYTTLMDGYSSQGQMEKAKGIFRSIVEQGLEPDIISYSSLINA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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