Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000491`

染色体: Chr02 坐标: 6738437-6740518 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000491`
名称	SmilChr02G000491
描述	putative late blight resistance protein homolog R1B-8
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	6738437 - 6740518 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012861`
GeneID	`131012861`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012861`
原始查询	`SmilChr02G000491`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1B-8
产物	putative late blight resistance protein homolog R1B-8
Arabidopsis	`AT3G50950` (ZAR1) HOPZ-ACTIVATED RESISTANCE 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824259] identity=32.4; qcov=0.701; evalue=2.37e-31; confidence=low
Rice	`Os08g0261000` - identity=36.7; qcov=0.691; evalue=4.99e-41; confidence=medium
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF23559 (WHD_DRP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012861

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.80000	`XP_057796834.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057796834.1`
3	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.20000	`XP_057796834.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057796834.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796834.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:6739672`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	44	A16,A5,A6,A7,A9,B101,B105,B113,B121,B125,B137,B140,B22,B24,B32,B40,B49,B52,B60,B69,B74,B78,B79,B86,B89,B90,B92,C17,C19,C20,C21,C22,C26,C35,C4,C40,C49,C53,C73,C75,C76,C8,C86,D9
`Chr2:6739710`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A13,B26,C5
`Chr2:6739775`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B90,B92,C12
`Chr2:6739846`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,B18,C42,C70
`Chr2:6739936`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B115,B41
`Chr2:6739969`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	11	A24,B103,B114,B140,B18,B28,B69,C42,C56,C65,C70
`Chr2:6739974`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr2:6740204`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A13,B26,C5
`Chr2:6740241`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C22
`Chr2:6740273`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr2:6740350`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,B137,C58
`Chr2:6740399`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,B137,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796834.1

304 aa

152

304

WHD_DRP

PF23559 WHD_DRP 132-202 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796834.1`	Pfam	`PF23559`	WHD_DRP	Domain	132	202	1.5e-18	67.3	Disease resistance protein Winged helix domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940851.1
ATGGGAATGGAAGTGATCGTTTTAACTACTAGGTTGTCTAACGTGGCTAGTGATTGTGTCTCTAGTTCTTGCTTCACCATGAAACCTTTAGATGAGGATCAAAGTTGGGTGATGTTTTGCCGAAACGCTTTCCAGCAAGAACATTGCCCTTATCCTCAACTACAAAGTGTGGGAAACGAGATTGTTAGATTGTGCAGAGGACTACCCTTGTCAATTGTTGTGATTGGAGGGTTTCTTCTCAAATCGCCTAGGACTGTAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012861
ATGGGAATGGAAGTGATCGTTTTAACTACTAGGTTGTCTAACGTGGCTAGTGATTGTGTCTCTAGTTCTTGCTTCACCATGAAACCTTTAGATGAGGATCAAAGTTGGGTGATGTTTTGCCGAAACGCTTTCCAGCAAGAACATTGCCCTTATCCTCAACTACAAAGTGTGGGAAACGAGATTGTTAGATTGTGCAGAGGACTACCCTTGTCAATTGTTGTGATTGGAGGGTTTCTTCTCAAATCGCCTAGGACTGTAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796834.1
MGMEVIVLTTRLSNVASDCVSSSCFTMKPLDEDQSWVMFCRNAFQQEHCPYPQLQSVGNEIVRLCRGLPLSIVVIGGFLLKSPRTVGLWEDVAKNIKSISNSTEKQEILDVLSLSYSHLPSLLKPCLLYMGIFREDHEIRARIIKLWVAEGFIKPKRAQMLEEIVEGYLNDLVDKNLVLVGRHRSNGKNRSCRLHDLIRDLCLKVSENDKFFYAKRALDNMTKERRFICHDFIEMSDALKSAQLLRSLVCRGSKLPVVFN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器