当前解析结果
SmilChr02G000492| 统一新 Gene ID | SmilChr02G000492 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G000492 |
| 描述 | disease resistance protein RPP13-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 6740582 - 6740932 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131007910 |
|---|---|
| GeneID | 131007910 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007910 |
| 原始查询 | SmilChr02G000492 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | disease resistance protein RPP13-like |
| 产物 | disease resistance protein RPP13-like |
| Arabidopsis | AT3G46530 (RPP13)NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823806] identity=37.6; qcov=0.94; evalue=1.89e-16; confidence=low |
| Rice | Os11g0633500- identity=30.8; qcov=0.922; evalue=3.87e-14; confidence=low |
| GO | GO:0043531 (ADP binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00931 (NB-ARC) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007910 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057790805.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057790805.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790805.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790805.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057790805.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:6740584 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 8 | A18,A24,B103,B140,B18,B59,B69,C56 |
Chr2:6740597 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A5,B59,C27 |
Chr2:6740634 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B12,B3 |
Chr2:6740680 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr2:6740709 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B105 |
Chr2:6740715 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B12,B3 |
Chr2:6740743 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B115,B14,C11 |
Chr2:6740765 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A25,B105,B115,B14,C11 |
Chr2:6740783 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C28 |
Chr2:6740784 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B131,B85 |
Chr2:6740851 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B102,B30,C11,C75 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790805.1PF00931
NB-ARC 22-116 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790805.1 |
Pfam | PF00931 |
NB-ARC | Domain | 22 | 116 | 5.1e-18 | 65.9 | NB-ARC domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。