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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000493

染色体: Chr02 坐标: 6751152-6755117 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000493
名称SmilChr02G000493
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向6751152 - 6755117 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007911
GeneID131007911
locus_tag-
NCBI NameLOC131007911
原始查询SmilChr02G000493

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=37.4; qcov=0.867; evalue=0; confidence=medium
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=39.2; qcov=1.02; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007911

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057790806.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790806.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790806.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790806.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790806.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:6751185 GCT G 2bp_deletion frameshift_variant 10 A8,B108,B110,B66,B87,B91,C3,C42,C46,C66
Chr2:6751189 A ATG 2bp_insertion frameshift_variant 12 A8,B108,B110,B113,B66,B87,B9,B91,C3,C42,C46,C66
Chr2:6751204 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr2:6751220 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B77,B9,B95
Chr2:6751237 AAC A 2bp_deletion frameshift_variant 4 B77,B9,B95,C74
Chr2:6751237 AAC A 2bp_deletion CDS_variant 4 B77,B9,B95,C74
Chr2:6751241 A ATG 2bp_insertion frameshift_variant 5 B77,B9,B95,C1,C74
Chr2:6751241 A ATG 2bp_insertion CDS_variant 5 B77,B9,B95,C1,C74
Chr2:6751287 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B77,B9,B95,C1,C40,C74,C80
Chr2:6751297 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C68,D7
Chr2:6751331 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C36
Chr2:6751331 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790806.1
1125 aa
N
1
562
1125
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 33-73 aa PF13855 LRR_8 129-185 aa PF00560 LRR_1 150-172 aa PF00560 LRR_1 174-195 aa PF00560 LRR_1 224-245 aa PF13855 LRR_8 224-282 aa PF00560 LRR_1 247-267 aa PF00560 LRR_1 311-332 aa PF00560 LRR_1 336-357 aa PF13855 LRR_8 336-394 aa PF00560 LRR_1 432-454 aa PF00560 LRR_1 485-506 aa PF13855 LRR_8 677-736 aa PF00560 LRR_1 701-722 aa PF00069 Pkinase 845-1113 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 847-1116 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790806.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 73 3e-11 44.1 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057790806.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 129 185 8.5e-45 151.1 Leucine rich repeat
XP_057790806.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 150 172 2.8e-53 167.0 Leucine Rich Repeat
XP_057790806.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 174 195 2.8e-53 167.0 Leucine Rich Repeat
XP_057790806.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 224 245 2.8e-53 167.0 Leucine Rich Repeat
XP_057790806.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 224 282 8.5e-45 151.1 Leucine rich repeat
XP_057790806.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 247 267 2.8e-53 167.0 Leucine Rich Repeat
XP_057790806.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 311 332 2.8e-53 167.0 Leucine Rich Repeat
XP_057790806.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 336 357 2.8e-53 167.0 Leucine Rich Repeat
XP_057790806.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 336 394 8.5e-45 151.1 Leucine rich repeat
XP_057790806.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 432 454 2.8e-53 167.0 Leucine Rich Repeat
XP_057790806.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 485 506 2.8e-53 167.0 Leucine Rich Repeat
XP_057790806.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 677 736 8.5e-45 151.1 Leucine rich repeat
XP_057790806.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 701 722 2.8e-53 167.0 Leucine Rich Repeat
XP_057790806.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 845 1113 8.7e-39 134.2 Protein kinase domain
XP_057790806.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 847 1116 1.3e-39 136.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934823.1
GCAGCCATGGAGAAAAAGCTTTATTGCATTTTTGCTTATGCATTCCTAATTACCATAACCTTCCAAATGCTTTCTTGTGTAGCCAAACAACCTACGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCATTCAAACAACACATCACCTCCGACCCTTCTCGCATACTTGCAACGAATTGGACCAACTCGACCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCATCGAAGAGTTGCTGCGTTGAATCTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007911
ATGGAGAAAAAGCTTTATTGCATTTTTGCTTATGCATTCCTAATTACCATAACCTTCCAAATGCTTTCTTGTGTAGCCAAACAACCTACGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCATTCAAACAACACATCACCTCCGACCCTTCTCGCATACTTGCAACGAATTGGACCAACTCGACCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCATCGAAGAGTTGCTGCGTTGAATCTCTCCAACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790806.1
MEKKLYCIFAYAFLITITFQMLSCVAKQPTSLATDQTALLSFKQHITSDPSRILATNWTNSTSVCSWIGVTCSLRHRRVAALNLSNMALSGTIPPQLGHLSFLVSLDLTSNHFHGDLPHELSLLRRLKFISFRLNNFTGDFPLMFGQLPKLEYLNLRNNSFIGSIPKSLSNLTNLQFLDLTYNSLSGEIPSAIFNISTLVSIGLTGNELSGSLPTDMCSNLPFLTRIYLSYNQLSGAIPTNISQCSRLEVLSISYNSFSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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