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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000504

染色体: Chr02 坐标: 6951700-6952732 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000504
名称SmilChr02G000504
描述uncharacterized SmilChr02G000504
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向6951700 - 6952732 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007916
GeneID131007916
locus_tag-
NCBI NameLOC131007916
原始查询SmilChr02G000504

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834216]; symbol=AT5G42110; hit=AT5G42110; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834216]; symbol=AT5G42110; hit=AT5G42110; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G42110 (AT5G42110)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834216]
identity=45.1; qcov=1; evalue=1.48e-11; confidence=low
RiceOs10g0162100
-
identity=80; qcov=0.352; evalue=1.53e-09; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007916

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057790811.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057790811.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790811.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790811.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790811.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:6951866 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr2:6951898 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B121,B3,B83,C80
Chr2:6952388 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B90,B92,C12
Chr2:6952390 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B23,B40,B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934828.1
TACTCCCCTTCCGCTCTCCACCATAAATACCCATCCGCAATTTCCCACCTCTTTCCGCGAAGAATTTCACGCCTTCAATCAGATTCAATTCCAATTTTGCTCTGGTTCATCGCGGAAAATTGCCTCAATTCTCAATCATGAAGAAATCGGGCGCCATAGCCGCCTCCGTTGCGGCTTCCGCCACCGCGATCTCGTCGGCGTCGTCTACCAAAATTCACTTTCCTCGCGAGGATGATCGGGCGAAGATAAACAGCGAGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007916
ATGAAGAAATCGGGCGCCATAGCCGCCTCCGTTGCGGCTTCCGCCACCGCGATCTCGTCGGCGTCGTCTACCAAAATTCACTTTCCTCGCGAGGATGATCGGGCGAAGATAAACAGCGAGAAATCCGCATCACAGGGATCGTCTTCTTCGGAGAAATTCGCGCCGAGGTTTGATGGATTGAGATTCATAGAGACGCTGGTGACTGCTCATAGATAA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790811.1
MKKSGAIAASVAASATAISSASSTKIHFPREDDRAKINSEKSASQGSSSSEKFAPRFDGLRFIETLVTAHR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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