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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000515

染色体: Chr02 坐标: 7117693-7119003 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000515
名称SmilChr02G000515
描述uncharacterized SmilChr02G000515
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向7117693 - 7119003 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007922
GeneID131007922
locus_tag-
NCBI NameLOC131007922
原始查询SmilChr02G000515

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007922

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790817.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057790817.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057790817.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790817.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790817.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:7118263 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D10
Chr2:7118263 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:7118269 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr2:7118279 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 81 A10,A11,A14,A16,A18,A21,A24,A25,A3,B1,B102,B104,B113,B124,B126,B127,B13,B133,B14,B18,B28,B29,B30,B33,B36,B42,B43,B45,B49,B50,B51,B53,B63,B64,B66,B67,B68,B70,B75,B79,B8,B80,B81,B83,B85,B86,B88,B89,B91,C13,C15,C16,C17,C18,C21,C22,C3,C30,C31,C34,C38,C39,C42,C48,C50,C52,C57,C58,C59,C61,C62,C74,C75,C78,C81,C85,C86,D1,D3,D4,D5
Chr2:7118301 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B51,B67,B89
Chr2:7118314 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B82,C41
Chr2:7118318 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B137,C41,C60,C8
Chr2:7118329 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 75 A1,A13,A18,A19,A24,A25,A5,A7,A9,B101,B105,B108,B109,B111,B112,B117,B118,B121,B122,B130,B131,B134,B138,B140,B18,B20,B22,B24,B26,B32,B33,B4,B40,B46,B49,B50,B52,B54,B62,B74,B76,B78,B79,B82,B9,B93,B98,B99,C11,C19,C21,C23,C32,C37,C40,C41,C42,C44,C49,C5,C53,C55,C63,C68,C69,C70,C78,C8,C80,C83,D10,D2,D3,D5,D9
Chr2:7118337 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D9
Chr2:7118350 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B113,B140,B99,D7
Chr2:7118363 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B79,C39,C45,C74
Chr2:7118386 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934834.1
AGCAAGAGAGATTGGAGTTGGTCCCAGATGAATTTGAAGTCACCACTATGTACTACTTGTCTACCGTTGGAATTTATATGGGGGCACAGTATAACGAAGGCCATAATCACGATTTTCAGGACATCCCTATCCAAGGTGAAGAGCCAGAACAAGAATATGAAGTGCCATTGCATGACACCATTGTACAGGAGGAAGAAGTGTCTCTGCATGATATACCTATTCATGCGCATGATTTGCCCGCGACAGGGATGGATAGACGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007922
ATGTACATTCCCCTGCTCCTCGACCTACACCGACATCCGAGGCAAGACTATTTTGATGATATACGAGACGAGGGTGCCGAGGAAGGCGATGATATACGAGATGAGGGTGCCGAGGAAGGCGATGTTCCTCGTGATGATAATGTGACACAATCGCCATATGTTCCTCAGTTTACTCAGTTTGAGTGTGGGAGCACATCTTTTTTGGGCACTGATGCCGAGATCCCTCGTTTCTCCAACCCAATTGATCAAATGAGAGCATG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790817.1
MYIPLLLDLHRHPRQDYFDDIRDEGAEEGDDIRDEGAEEGDVPRDDNVTQSPYVPQFTQFECGSTSFLGTDAEIPRFSNPIDQMRACFDYMGEEMVSFGEPSQRIEAPVLPRRSTRQRFSSQQLESPYAASGEPRLVSTKELDNFRSFLNGNDSGATVLESNHNLSKNWFKNILKPDASLHQDVSFGVVHIVLAIQVDASGFSSPIC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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