Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000528

染色体: Chr02 坐标: 7265033-7269268 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000528
名称SmilChr02G000528
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向7265033 - 7269268 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012883
GeneID131012883
locus_tag-
NCBI NameLOC131012883
原始查询SmilChr02G000528

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=33.3; qcov=1.07; evalue=0; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=38; qcov=1.02; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012883

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057796852.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796852.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796852.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796852.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796852.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:7265571 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B19,B53,C35,C72
Chr2:7265576 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 2 A20,B22
Chr2:7265576 A AT 1bp_insertion CDS_variant 2 A20,B22
Chr2:7265597 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B120,B53,C35,C72
Chr2:7265601 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 A5,B5
Chr2:7265601 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B5
Chr2:7265608 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr2:7265624 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C20
Chr2:7265636 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,B89
Chr2:7265638 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B85,B94,C31,C58
Chr2:7265644 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B85,B94,C58,C75,D11
Chr2:7265663 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B136,B24,C31,D1,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796852.1
1185 aa
N
1
592
1185
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_14
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 34-68 aa PF13855 LRR_8 144-204 aa PF00560 LRR_1 145-167 aa PF00560 LRR_1 169-191 aa PF00560 LRR_1 193-214 aa PF00560 LRR_1 266-288 aa PF00560 LRR_1 364-385 aa PF13855 LRR_8 364-422 aa PF23598 LRR_14 381-573 aa PF00560 LRR_1 387-408 aa PF13855 LRR_8 437-495 aa PF00560 LRR_1 460-482 aa PF00560 LRR_1 485-503 aa PF00560 LRR_1 537-559 aa PF00560 LRR_1 586-607 aa PF00560 LRR_1 658-679 aa PF00560 LRR_1 705-726 aa PF00560 LRR_1 729-751 aa PF00069 Pkinase 874-1043 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 876-1025 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796852.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 34 68 0.00026 21.9 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057796852.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 144 204 6.7e-49 164.2 Leucine rich repeat
XP_057796852.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 145 167 1.4e-60 188.7 Leucine Rich Repeat
XP_057796852.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 169 191 1.4e-60 188.7 Leucine Rich Repeat
XP_057796852.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 193 214 1.4e-60 188.7 Leucine Rich Repeat
XP_057796852.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 266 288 1.4e-60 188.7 Leucine Rich Repeat
XP_057796852.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 364 385 1.4e-60 188.7 Leucine Rich Repeat
XP_057796852.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 364 422 6.7e-49 164.2 Leucine rich repeat
XP_057796852.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 381 573 1.2e-49 169.7 Leucine-rich repeat region
XP_057796852.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 387 408 1.4e-60 188.7 Leucine Rich Repeat
XP_057796852.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 437 495 6.7e-49 164.2 Leucine rich repeat
XP_057796852.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 460 482 1.4e-60 188.7 Leucine Rich Repeat
XP_057796852.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 485 503 1.4e-60 188.7 Leucine Rich Repeat
XP_057796852.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 537 559 1.4e-60 188.7 Leucine Rich Repeat
XP_057796852.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 586 607 1.4e-60 188.7 Leucine Rich Repeat
XP_057796852.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 658 679 1.4e-60 188.7 Leucine Rich Repeat
XP_057796852.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 705 726 1.4e-60 188.7 Leucine Rich Repeat
XP_057796852.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 729 751 1.4e-60 188.7 Leucine Rich Repeat
XP_057796852.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 874 1043 2e-34 119.9 Protein kinase domain
XP_057796852.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 876 1025 3.3e-33 115.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940869.1
ATCATAATACAATCACAATTTGCAGCCATGGAGAAAAAGCTTTATTACATTTTGCTGTATTCATTCCTAATTACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTTTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTTCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGGCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCAACGAGTAGCTGCGTTGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012883
ATGGAGAAAAAGCTTTATTACATTTTGCTGTATTCATTCCTAATTACCATAACCTTCCCAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTTTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTTCCCTTCTTTCACTCAAACATACATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCCACCTCCGGCTGCACCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCAACGAGTAGCTGCGTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796852.1
MEKKLYYILLYSFLITITFPMLSSEAKQPLSLATDQTSLLSLKHTSLLLATNWTNSTSGCTWIGVTCSLRHQRVAALNLSNMALSATIPPQLGHLSFLVSLDLSNNLFHGDLPQELSLLRRLKFISFRLNNFTGDIPPMLGQLPKLEYLSLRNNSFIGSIPKSLSNLTNLQFLDLSSNSLSGEIPKEFGRLQSLQTLYVQFNHLSGAIPSAIFNISTLVAIGLGDNELSGSLPTDMCNNLPFLGGIYLSFNQLSGPIPTN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器