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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000529

染色体: Chr02 坐标: 7290031-7295241 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000529
名称SmilChr02G000529
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向7290031 - 7295241 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012884
GeneID131012884
locus_tag-
NCBI NameLOC131012884
原始查询SmilChr02G000529

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=34.3; qcov=1.04; evalue=1.59e-175; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=38.3; qcov=0.968; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012884

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057796854.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796854.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796854.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796854.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796854.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:7290049 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,C8
Chr2:7290084 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C53,D11
Chr2:7290090 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:7290117 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 47 A22,A5,A7,B101,B102,B103,B105,B107,B109,B111,B117,B138,B16,B17,B19,B23,B27,B28,B32,B37,B52,B64,B69,B71,B76,B77,B78,B82,B86,B89,B94,B99,C21,C31,C33,C39,C41,C5,C53,C57,C6,C72,C75,C8,C80,D10,D11
Chr2:7290119 CCA C 2bp_deletion frameshift_variant 47 A22,A5,A7,B101,B102,B103,B105,B107,B109,B111,B117,B138,B16,B17,B19,B23,B27,B28,B32,B37,B52,B64,B69,B71,B76,B77,B78,B82,B86,B89,B94,B99,C21,C31,C33,C39,C41,C5,C53,C57,C6,C72,C75,C8,C80,D10,D11
Chr2:7290124 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 1 C40
Chr2:7290124 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 C40
Chr2:7290186 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B44,C57,C71,C75
Chr2:7290228 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr2:7290246 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,B79
Chr2:7290257 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B43,B93
Chr2:7290285 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796854.1
1085 aa
N
1
542
1085
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 34-74 aa PF13855 LRR_8 126-186 aa PF00560 LRR_1 151-173 aa PF00560 LRR_1 175-197 aa PF00560 LRR_1 273-295 aa PF00560 LRR_1 297-319 aa PF13855 LRR_8 370-429 aa PF00560 LRR_1 371-392 aa PF00560 LRR_1 394-415 aa PF00560 LRR_1 467-489 aa PF00560 LRR_1 544-566 aa PF00560 LRR_1 616-637 aa PF13855 LRR_8 712-771 aa PF00560 LRR_1 736-757 aa PF00560 LRR_1 760-777 aa PF00069 Pkinase 879-1048 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 882-1038 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796854.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 34 74 1.8e-10 41.7 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057796854.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 126 186 1.5e-51 172.7 Leucine rich repeat
XP_057796854.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 151 173 3.4e-57 178.7 Leucine Rich Repeat
XP_057796854.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 175 197 3.4e-57 178.7 Leucine Rich Repeat
XP_057796854.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 273 295 3.4e-57 178.7 Leucine Rich Repeat
XP_057796854.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 297 319 3.4e-57 178.7 Leucine Rich Repeat
XP_057796854.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 370 429 1.5e-51 172.7 Leucine rich repeat
XP_057796854.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 371 392 3.4e-57 178.7 Leucine Rich Repeat
XP_057796854.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 394 415 3.4e-57 178.7 Leucine Rich Repeat
XP_057796854.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 467 489 3.4e-57 178.7 Leucine Rich Repeat
XP_057796854.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 544 566 3.4e-57 178.7 Leucine Rich Repeat
XP_057796854.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 616 637 3.4e-57 178.7 Leucine Rich Repeat
XP_057796854.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 712 771 1.5e-51 172.7 Leucine rich repeat
XP_057796854.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 736 757 3.4e-57 178.7 Leucine Rich Repeat
XP_057796854.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 760 777 3.4e-57 178.7 Leucine Rich Repeat
XP_057796854.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 879 1048 1.8e-30 107.0 Protein kinase domain
XP_057796854.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 882 1038 1.2e-26 94.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009097498.1
GCAGCCATGGAGACAAAGCTTTATTGCATTTTTGCATATGCATTCCTAATTACCATATCCTTCCAAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAAGCCAAACCTATGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACAACACATCACCTCCGACCCTTCTCGCATACTTGCAACTAATTGGACCAATTCGAGCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCAAAGAGTAGCTGCGTTGAATCT...
XM_057940871.1
GCAGCCATGGAGACAAAGCTTTATTGCATTTTTGCATATGCATTCCTAATTACCATATCCTTCCAAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAAGCCAAACCTATGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACAACACATCACCTCCGACCCTTCTCGCATACTTGCAACTAATTGGACCAATTCGAGCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCAAAGAGTAGCTGCGTTGAATCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012884
ATGGAGACAAAGCTTTATTGCATTTTTGCATATGCATTCCTAATTACCATATCCTTCCAAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAAGCCAAACCTATGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACAACACATCACCTCCGACCCTTCTCGCATACTTGCAACTAATTGGACCAATTCGAGCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCAAAGAGTAGCTGCGTTGAATCTCTCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796854.1
METKLYCIFAYAFLITISFQMLSSEAKAKPMSLATDQTALLSLKQHITSDPSRILATNWTNSSSVCSWIGVTCSLRHQRVAALNLSNMALSGTIPPQLGHLSFLVSLDLTSNLFHGDLPQELSLLRRLKFISLRLNNFTGDFPPMFGQLPKLEYLNLRYNSFTGSIPKSLSNLTNLQFLLLDSNSLSGEIPKELGRLQSLQSLSVEFNHLSGAIPSAIFNISTLVVIAFTRNNELSGSLPTDICTNLPSLIRIYFSRNQL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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