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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000530

染色体: Chr02 坐标: 7298452-7302000 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000530
名称SmilChr02G000530
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向7298452 - 7302000 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007927
GeneID131007927
locus_tag-
NCBI NameLOC131007927
原始查询SmilChr02G000530

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=32.8; qcov=1.09; evalue=2.06e-151; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=36.8; qcov=1.01; evalue=2.21e-180; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007927

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057790821.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790821.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790821.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790821.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790821.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:7298509 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B128,B49,C73
Chr2:7298509 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,B49,C73
Chr2:7298529 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,C73
Chr2:7298542 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 9 B120,B79,B95,C1,C40,C74,C80,D3,D7
Chr2:7298573 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 5 B120,B2,B95,C40,C80
Chr2:7298573 CA C 1bp_deletion CDS_variant 5 B120,B2,B95,C40,C80
Chr2:7298575 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr2:7298577 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B2,B95,C40,C80
Chr2:7298579 AAC A 2bp_deletion frameshift_variant 4 B2,B95,C40,C80
Chr2:7298579 AAC A 2bp_deletion CDS_variant 4 B2,B95,C40,C80
Chr2:7298586 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,B77,C73
Chr2:7298591 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B13,C15,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790821.1
1032 aa
N
1
516
1032
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 33-73 aa PF00560 LRR_1 150-172 aa PF00560 LRR_1 174-196 aa PF00560 LRR_1 198-219 aa PF13855 LRR_8 248-306 aa PF00560 LRR_1 272-293 aa PF00560 LRR_1 295-317 aa PF23598 LRR_14 365-573 aa PF00560 LRR_1 369-391 aa PF00560 LRR_1 443-464 aa PF13855 LRR_8 443-501 aa PF00560 LRR_1 466-488 aa PF00560 LRR_1 519-540 aa PF00560 LRR_1 567-589 aa PF00560 LRR_1 592-613 aa PF00560 LRR_1 664-685 aa PF00560 LRR_1 690-709 aa PF00560 LRR_1 735-756 aa PF00069 Pkinase 847-1024 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 850-999 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790821.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 73 1.6e-08 35.4 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057790821.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 150 172 1e-59 186.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790821.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 174 196 1e-59 186.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790821.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 198 219 1e-59 186.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790821.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 248 306 4.7e-52 174.3 Leucine rich repeat
XP_057790821.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 272 293 1e-59 186.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790821.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 295 317 1e-59 186.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790821.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 365 573 7e-50 170.5 Leucine-rich repeat region
XP_057790821.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 369 391 1e-59 186.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790821.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 443 464 1e-59 186.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790821.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 443 501 4.7e-52 174.3 Leucine rich repeat
XP_057790821.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 466 488 1e-59 186.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790821.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 519 540 1e-59 186.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790821.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 567 589 1e-59 186.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790821.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 592 613 1e-59 186.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790821.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 664 685 1e-59 186.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790821.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 690 709 1e-59 186.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790821.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 735 756 1e-59 186.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790821.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 847 1024 1.1e-31 110.9 Protein kinase domain
XP_057790821.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 850 999 8.2e-27 94.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934838.1
ATGGAGAAAATGTTTTATTGCATTTTTGCATATGCATTCCTAATTACCATAACCTTCCAAATGCTTTCTTCTGAATCCAAACAACCTTTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTTCCCTTCTTTCACTCAAACAACACATCACCTCCGATCCTTCTCTTTTACTTTCAACTAATTGGACCAACTCGACCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007927
ATGGAGAAAATGTTTTATTGCATTTTTGCATATGCATTCCTAATTACCATAACCTTCCAAATGCTTTCTTCTGAATCCAAACAACCTTTGAGCCTTGCAACTGATCAAACTTCCCTTCTTTCACTCAAACAACACATCACCTCCGATCCTTCTCTTTTACTTTCAACTAATTGGACCAACTCGACCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790821.1
MEKMFYCIFAYAFLITITFQMLSSESKQPLSLATDQTSLLSLKQHITSDPSLLLSTNWTNSTSVCSWIGVTCSLRHHRVAALNLSNMALSGTIPPQLGHLSFLVSLDLTNNLFHGDLPHELSLLRRLKFISLRINNFAGEFPPMFGQLPKLEYLNLRNNSFIGSIPKSLSNLTNLQFLSLSSNSLSGEIPKELGRLQSLQTLSVQSNHLSGAIPSAIFNISTLVAIGFTYNELSGSLPTDMCSNLPFLTGIYLSKNQLSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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