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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000531

染色体: Chr02 坐标: 7309550-7325735 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000531
名称SmilChr02G000531
描述receptor-like protein 20
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向7309550 - 7325735 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012885
GeneID131012885
locus_tag-
NCBI NameLOC131012885
原始查询SmilChr02G000531

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 20
产物receptor-like protein 20
ArabidopsisAT1G71400 (RLP12)
receptor like protein 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843481]
identity=37.5; qcov=1.04; evalue=5.72e-131; confidence=medium
RiceOs12g0211500
-
identity=35.1; qcov=1; evalue=2.44e-112; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012885

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057796855.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796855.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796855.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796855.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796855.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:7309917 TTG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B100
Chr2:7309917 TTG T 2bp_deletion CDS_variant 1 B100
Chr2:7309920 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B100
Chr2:7309920 C CAT 2bp_insertion CDS_variant 1 B100
Chr2:7309923 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr2:7309943 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C3,C31
Chr2:7309981 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr2:7310001 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr2:7310937 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B7,B93,C61
Chr2:7322453 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B2,B25
Chr2:7322453 TG T 1bp_deletion CDS_variant 2 B2,B25
Chr2:7322538 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B37,B6,C63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796855.1
693 aa
N
1
346
693
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
C
PF23598 LRR_14 62-171 aa PF00560 LRR_1 67-88 aa PF00560 LRR_1 91-113 aa PF13855 LRR_8 136-174 aa PF00560 LRR_1 140-161 aa PF00560 LRR_1 163-185 aa PF00560 LRR_1 187-208 aa PF00560 LRR_1 235-257 aa PF23598 LRR_14 253-436 aa PF00560 LRR_1 259-281 aa PF00560 LRR_1 283-304 aa PF13855 LRR_8 283-341 aa PF00560 LRR_1 306-328 aa PF00560 LRR_1 429-446 aa PF00560 LRR_1 494-514 aa PF13855 LRR_8 494-551 aa PF00560 LRR_1 517-538 aa PF00560 LRR_1 541-562 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796855.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 62 171 4.2e-41 141.6 Leucine-rich repeat region
XP_057796855.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 67 88 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057796855.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 91 113 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057796855.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 136 174 2.6e-50 168.7 Leucine rich repeat
XP_057796855.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 140 161 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057796855.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 163 185 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057796855.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 187 208 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057796855.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 235 257 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057796855.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 253 436 4.2e-41 141.6 Leucine-rich repeat region
XP_057796855.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 259 281 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057796855.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 283 304 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057796855.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 283 341 2.6e-50 168.7 Leucine rich repeat
XP_057796855.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 306 328 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057796855.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 429 446 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057796855.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 494 514 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057796855.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 494 551 2.6e-50 168.7 Leucine rich repeat
XP_057796855.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 517 538 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057796855.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 541 562 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940872.1
TTTGCGCACATAATTACAGTTAATTAGCACTCTGCATTCACAATATGGAGAGAGTTTCTCTAATTTTCCTACATTCTCTACTCATGTTGTTTTCTTGGCTTACCCTTGCTACGACTGATCAAATCAAAAGTGATGAATCTTCACTTCTTGCCCTCAAATCCCGCATCACTTCAGATCCCGACAATTATTTGAAAAATAATTGGACCATCGGAACCTCCATTTGCACATGAATAGGAGTTACGTGTGATTCACGTGATAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012885
ATGGGACTCGAAGGCAGCATCCCACCAGAAATCGGAAATCTTTCTTTTCTTGTTTCTCTAGATTTGAGTTTGAACTCTCTTTGCGGCCCCCTACCAAAGGACATCTGCAGGCACAACAACCTTCAAAGACTCGAAGCACTTTACCTCTTCTCCAACAAATTGGAGGGTGAGATACCATTGAGTTTGGGTGAATGTCCACAGCTTGAGTTTATTAACTTGTCATACAACAACTTTGGTGGACATGTGCCATCACAAATTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796855.1
MGLEGSIPPEIGNLSFLVSLDLSLNSLCGPLPKDICRHNNLQRLEALYLFSNKLEGEIPLSLGECPQLEFINLSYNNFGGHVPSQIGNITQLKALDLSWNNQRGTIPKEIGNLHNLRYMKLESNQLIGSIPREVGNMTALYELQLRNNSLSGVIPQEIHHLHNLRELDFSSNKLSGTLPPSIFNMSSLKMIDLSSNTLSGALPSEIEYMNELDILELDNNALIGPIPSTVGNLSSLYHLNLGSNKFNGSIPSTIGNLSNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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