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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000544

染色体: Chr02 坐标: 7500326-7500844 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000544
名称SmilChr02G000544
描述uncharacterized SmilChr02G000544
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向7500326 - 7500844 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007931
GeneID131007931
locus_tag-
NCBI NameLOC131007931
原始查询SmilChr02G000544

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low
产物hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs04g0191000
-
identity=27.6; qcov=1.05; evalue=7.69e-07; confidence=low
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007931

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057790826.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057790826.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790826.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790826.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790826.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:7500329 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B31,B46,B80
Chr2:7500334 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C36
Chr2:7500351 GAT G 2bp_deletion frameshift_variant 1 B102
Chr2:7500351 GAT G 2bp_deletion CDS_variant 1 B102
Chr2:7500355 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr2:7500362 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,B2
Chr2:7500374 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 6 B34,B73,B81,B91,C58,C60
Chr2:7500379 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr2:7500405 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:7500427 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:7500432 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B135,B2,B99,D11
Chr2:7500465 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934843.1
ATGCGGAAGTATGGAGTTCAACATAGATTGGCTACTCCTTATCATCCTCAAACGAATGGGCAAGCCGAAGTTTCAAATCGGGAGATTAAGCAAATCTTGGAGAAGACGATAAATCCCTCAAGAAATGATTGGAGTTTAAGGCTCGACGACGCACTGTGGGCATATCGAACGGCCTATAAAACTCGTATTGGCATGTCACCTTATCGATTGATATTTGAGAATATGTGTCACTTGCCTGTTGGATTAGAGCACAGAGCTTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007931
ATGCGGAAGTATGGAGTTCAACATAGATTGGCTACTCCTTATCATCCTCAAACGAATGGGCAAGCCGAAGTTTCAAATCGGGAGATTAAGCAAATCTTGGAGAAGACGATAAATCCCTCAAGAAATGATTGGAGTTTAAGGCTCGACGACGCACTGTGGGCATATCGAACGGCCTATAAAACTCGTATTGGCATGTCACCTTATCGATTGATATTTGAGAATATGTGTCACTTGCCTGTTGGATTAGAGCACAGAGCTTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790826.1
MRKYGVQHRLATPYHPQTNGQAEVSNREIKQILEKTINPSRNDWSLRLDDALWAYRTAYKTRIGMSPYRLIFENMCHLPVGLEHRAYWAIKKMNMQSPKCEEERRFQLQEFEELRLEAYDASMWYKDRTKMWHDKNLRGKSFIVSQKVFLFQLKLRLMPEKLKTKWIGPFVI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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