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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000545

染色体: Chr02 坐标: 7515718-7519637 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000545
名称SmilChr02G000545
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向7515718 - 7519637 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012895
GeneID131012895
locus_tag-
NCBI NameLOC131012895
原始查询SmilChr02G000545

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=38.1; qcov=0.833; evalue=0; confidence=medium
RiceOs11g0694600
-
identity=39.1; qcov=0.976; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012895

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057796858.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796858.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796858.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796858.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796858.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:7515870 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,C46
Chr2:7515922 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,B59
Chr2:7515974 C CTG 2bp_insertion frameshift_variant 7 A2,B25,B28,B30,B43,B59,C20
Chr2:7515977 TAG T 2bp_deletion frameshift_variant 7 A2,B25,B28,B30,B43,B59,C20
Chr2:7515998 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 5 A2,B25,B30,B43,C20
Chr2:7515998 T TG 1bp_insertion CDS_variant 5 A2,B25,B30,B43,C20
Chr2:7516023 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:7516024 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B25,B28,B30,B43,C20
Chr2:7516027 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr2:7516039 CTG C 2bp_deletion frameshift_variant 10 A13,B18,B63,B64,B75,B85,C11,C59,C67,C77
Chr2:7516065 ACC A 2bp_deletion frameshift_variant 13 A10,A13,A7,B130,B18,B63,B64,B75,B85,C11,C59,C67,C77
Chr2:7516071 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 13 A10,A13,A7,B130,B18,B63,B64,B75,B85,C11,C59,C67,C77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796858.1
1133 aa
N
1
566
1133
LRRNT_2
LRR_8
LRR_14
LRR_1
LRR_8
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 33-73 aa PF13855 LRR_8 125-184 aa PF23598 LRR_14 142-251 aa PF00560 LRR_1 149-171 aa PF13855 LRR_8 173-233 aa PF13855 LRR_8 197-256 aa PF00560 LRR_1 222-244 aa PF00560 LRR_1 270-292 aa PF00560 LRR_1 344-365 aa PF13855 LRR_8 344-402 aa PF00560 LRR_1 417-438 aa PF00560 LRR_1 440-462 aa PF00560 LRR_1 566-587 aa PF00560 LRR_1 638-659 aa PF13855 LRR_8 686-744 aa PF00560 LRR_1 709-730 aa PF00069 Pkinase 852-1120 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 855-1123 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796858.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 73 1.8e-08 35.2 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057796858.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 125 184 3.3e-45 152.4 Leucine rich repeat
XP_057796858.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 142 251 1.6e-44 152.8 Leucine-rich repeat region
XP_057796858.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 149 171 9.6e-50 156.5 Leucine Rich Repeat
XP_057796858.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 173 233 3.3e-45 152.4 Leucine rich repeat
XP_057796858.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 197 256 3.3e-45 152.4 Leucine rich repeat
XP_057796858.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 222 244 9.6e-50 156.5 Leucine Rich Repeat
XP_057796858.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 270 292 9.6e-50 156.5 Leucine Rich Repeat
XP_057796858.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 344 365 9.6e-50 156.5 Leucine Rich Repeat
XP_057796858.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 344 402 3.3e-45 152.4 Leucine rich repeat
XP_057796858.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 417 438 9.6e-50 156.5 Leucine Rich Repeat
XP_057796858.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 440 462 9.6e-50 156.5 Leucine Rich Repeat
XP_057796858.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 566 587 9.6e-50 156.5 Leucine Rich Repeat
XP_057796858.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 638 659 9.6e-50 156.5 Leucine Rich Repeat
XP_057796858.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 686 744 3.3e-45 152.4 Leucine rich repeat
XP_057796858.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 709 730 9.6e-50 156.5 Leucine Rich Repeat
XP_057796858.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 852 1120 1.9e-38 133.1 Protein kinase domain
XP_057796858.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 855 1123 7.1e-38 131.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940875.1
CAGCCATGGAGAAAAAGCTTTATTGCATTTTTGCATATGCATTCCTAATTACCATATCCTTCCAAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTATGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACAACACATCACCTCCGACCCTTCTCTTTTACTTTCAACTAATTGGACCAATTCGAGCTCCGTCTGCAACTGGATTGGCGTCGCTTGCAGCTTGCGCCACCAAAGAGTAGCTGCGTTGAATCTCTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012895
ATGGAGAAAAAGCTTTATTGCATTTTTGCATATGCATTCCTAATTACCATATCCTTCCAAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTATGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACAACACATCACCTCCGACCCTTCTCTTTTACTTTCAACTAATTGGACCAATTCGAGCTCCGTCTGCAACTGGATTGGCGTCGCTTGCAGCTTGCGCCACCAAAGAGTAGCTGCGTTGAATCTCTCCAACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796858.1
MEKKLYCIFAYAFLITISFQMLSSEAKQPMSLATDQTALLSLKQHITSDPSLLLSTNWTNSSSVCNWIGVACSLRHQRVAALNLSNMALSGTIPPQLGHLSFLVSLDLTKNLFHGDLPHELSLLRRLKFISLRLNNFGSIPKSLSNLTNLQFLDLTSNSLSGEIPKEFGRLQSLQYLGVQSNRLSGAIPSTIFNLSTLVVLALRNNELSGSLPSDMCRNLPSLTGLYLSDNQLSGAIPTNLSQCSRLEILGLSYNSFNGQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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