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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000547

染色体: Chr02 坐标: 7580826-7586918 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000547
名称SmilChr02G000547
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase FLS2
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向7580826 - 7586918 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007932
GeneID131007932
locus_tag-
NCBI NameLOC131007932
原始查询SmilChr02G000547

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase FLS2
产物LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase FLS2
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=39.2; qcov=0.928; evalue=0; confidence=medium
RiceOs11g0694600
-
identity=39.2; qcov=0.995; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007932

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057790827.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790827.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790827.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790827.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790827.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:7580911 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr2:7580922 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B115,B87,C25,C27,D2
Chr2:7581064 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 44 A14,A15,A6,A8,B10,B11,B111,B113,B114,B118,B119,B129,B132,B133,B134,B136,B14,B19,B29,B41,B47,B57,B61,B74,B88,B97,C10,C16,C17,C23,C28,C33,C34,C35,C39,C4,C43,C46,C51,C6,C65,C74,C76,C86
Chr2:7581117 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr2:7581136 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B24,B34,B73,B81,C85
Chr2:7581168 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr2:7581345 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,B73
Chr2:7581378 ATG A 2bp_deletion frameshift_variant 6 A8,B10,B97,C10,C17,C86
Chr2:7581423 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B77,B80,C21,C3
Chr2:7581621 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr2:7581723 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr2:7581832 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790827.1
1012 aa
N
1
506
1012
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF13855 LRR_8 6-66 aa PF00560 LRR_1 7-29 aa PF00560 LRR_1 31-52 aa PF00560 LRR_1 101-123 aa PF00560 LRR_1 123-143 aa PF00560 LRR_1 146-168 aa PF00560 LRR_1 220-241 aa PF13855 LRR_8 220-277 aa PF00560 LRR_1 293-314 aa PF00560 LRR_1 316-338 aa PF00560 LRR_1 445-466 aa PF00560 LRR_1 468-489 aa PF00560 LRR_1 517-538 aa PF00560 LRR_1 588-610 aa PF00069 Pkinase 731-999 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 734-1002 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790827.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 6 66 5.2e-47 158.2 Leucine rich repeat
XP_057790827.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 7 29 1.1e-54 171.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790827.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 31 52 1.1e-54 171.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790827.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 101 123 1.1e-54 171.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790827.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 123 143 1.1e-54 171.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790827.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 146 168 1.1e-54 171.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790827.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 220 241 1.1e-54 171.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790827.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 220 277 5.2e-47 158.2 Leucine rich repeat
XP_057790827.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 293 314 1.1e-54 171.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790827.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 316 338 1.1e-54 171.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790827.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 445 466 1.1e-54 171.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790827.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 468 489 1.1e-54 171.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790827.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 517 538 1.1e-54 171.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790827.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 588 610 1.1e-54 171.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790827.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 731 999 8e-38 131.1 Protein kinase domain
XP_057790827.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 734 1002 2e-38 132.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934844.1
ATGTTTGGTCAGTTACCAAAATTAGAGTACTTGTCTTTGCGCAACAATAGCTTCATAGGTTCCATTCCAAAATCTCTCTCAAACCTAACAAACCTACGATCTCTTGACTTATCTTCCAATTCTCTAAGTGGAGAGATTCCAAAAGAGTTGGTGAGACTTCAAAGTCTACAGTATTTGGCGGTTGAATACAATCATCTCTTCGGTGCAATACCATCAGCCATATTCAACATATCGACCCTTGCATCTATAGGTTTGACAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007932
ATGTTTGGTCAGTTACCAAAATTAGAGTACTTGTCTTTGCGCAACAATAGCTTCATAGGTTCCATTCCAAAATCTCTCTCAAACCTAACAAACCTACGATCTCTTGACTTATCTTCCAATTCTCTAAGTGGAGAGATTCCAAAAGAGTTGGTGAGACTTCAAAGTCTACAGTATTTGGCGGTTGAATACAATCATCTCTTCGGTGCAATACCATCAGCCATATTCAACATATCGACCCTTGCATCTATAGGTTTGACAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790827.1
MFGQLPKLEYLSLRNNSFIGSIPKSLSNLTNLRSLDLSSNSLSGEIPKELVRLQSLQYLAVEYNHLFGAIPSAIFNISTLASIGLTGNELSGSLPTDICSNLVEIHLSFNRLSGAIPTNLSQLGTLSLSYNSFSGQIPSKIGFLTSLQELYLGGNNLNGTLPHEISNLQSLIIFGAEDNQIGGSIPLNIFMNMTSLQGLLLGRNKFMGSLPRGVGNITMLTTLDLTENYLTGLIPTSFEQLYRLEILLLQSNILSGLVPH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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