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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000548

染色体: Chr02 坐标: 7596257-7597518 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000548
名称SmilChr02G000548
描述uncharacterized SmilChr02G000548
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向7596257 - 7597518 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012897
GeneID131012897
locus_tag-
NCBI NameLOC131012897
原始查询SmilChr02G000548

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012897

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057796860.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057796860.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057796860.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796860.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796860.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:7596465 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B115,B65,C20
Chr2:7596468 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 11 A20,B10,B106,B19,B21,B49,B52,B83,C3,C59,C7
Chr2:7596477 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 12 A18,B110,B111,B126,B138,B17,B39,B60,B66,C30,C58,D1
Chr2:7596491 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,B46,B87,C4,C80
Chr2:7596496 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B67,C4
Chr2:7596507 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B4
Chr2:7596509 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr2:7596511 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B78,D9
Chr2:7596511 TG T 1bp_deletion CDS_variant 2 B78,D9
Chr2:7596515 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr2:7596519 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B5,B85
Chr2:7596519 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B5,B85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940878.1
AATGTTAGATGATGTTGATACACCTGAGAATTTTGATGATGCACATTTGGATATGCCTCTATCAGATGAATTTGTGGAGAGAGCAACTGATTGCAAACTTGTTGAAGATTCTCATATGGAGTCATGTCTACCTTTGGCAGCAAAGAAGGCGAAGAAAATGAAGTCTAATATCTTAAAAGACAAGATACAAAGCATATCTGATTCATCCCACCAACTTAGCGAAGTGGTTATTGAGCATAATAAAGGCAAAAGAGTCCCAC...
XM_057940877.1
AATGTTAGATGATGTTGATACACCTGAGAATTTTGATGATGCACATTTGGATATGCCTCTATCAGATGAATTTGTGGAGAGAGCAACTGATTGCAAACTTGTTGAAGATTCTCATATGGAGTCATGTCTACCTTTGGCAGGCACACTATACCATGAGGAGAAACAGGACCTTGTGGCAAAAACATCAAAGAAGACTAAAATAACTCAAGCTAAGGACAAACAAGTAGCTAAGGCAAAGAAGGCGAAGAAAATGAAGTCTA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131012897
ATGTTAGATGATGTTGATACACCTGAGAATTTTGATGATGCACATTTGGATATGCCTCTATCAGATGAATTTGTGGAGAGAGCAACTGATTGCAAACTTGTTGAAGATTCTCATATGGAGTCATGTCTACCTTTGGCAGCAAAGAAGGCGAAGAAAATGAAGTCTAATATCTTAAAAGACAAGATACAAAGCATATCTGATTCATCCCACCAACTTAGCGAAGTGGTTATTGAGCATAATAAAGGCAAAAGAGTCCCACA...
LOC131012897
ATGTTAGATGATGTTGATACACCTGAGAATTTTGATGATGCACATTTGGATATGCCTCTATCAGATGAATTTGTGGAGAGAGCAACTGATTGCAAACTTGTTGAAGATTCTCATATGGAGTCATGTCTACCTTTGGCAGGCACACTATACCATGAGGAGAAACAGGACCTTGTGGCAAAAACATCAAAGAAGACTAAAATAACTCAAGCTAAGGACAAACAAGTAGCTAAGGCAAAGAAGGCGAAGAAAATGAAGTCTAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057796860.1
MLDDVDTPENFDDAHLDMPLSDEFVERATDCKLVEDSHMESCLPLAGTLYHEEKQDLVAKTSKKTKITQAKDKQVAKAKKAKKMKSNILKDKIQSISDSSHQLSEVVIEHNKGKRVPQTPTLKSRSGRTIKRRILD
XP_057796861.1
MLDDVDTPENFDDAHLDMPLSDEFVERATDCKLVEDSHMESCLPLAAKKAKKMKSNILKDKIQSISDSSHQLSEVVIEHNKGKRVPQTPTLKSRSGRTIKRRILD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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