当前解析结果
SmilChr02G000552| 统一新 Gene ID | SmilChr02G000552 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G000552 |
| 描述 | sigma factor binding protein 1, chloroplastic-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 7741022 - 7742327 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131012899 |
|---|---|
| GeneID | 131012899 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012899 |
| 原始查询 | SmilChr02G000552 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | sigma factor binding protein 1, chloroplastic-like |
| 产物 | sigma factor binding protein 1%2C chloroplastic-like |
| Arabidopsis | AT3G56710 (SIB1)sigma factor binding protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824838] identity=32.4; qcov=1.09; evalue=2.7e-10; confidence=low |
| Rice | Os01g0808900 (OsVQ4)- identity=72.2; qcov=0.265; evalue=1.56e-12; confidence=weak |
| GO | GO:0051091 (GO:0051091) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05678 (VQ) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012899 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057796862.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057796862.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057796862.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057796862.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057796862.1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057796862.1PF05678
VQ 29-55 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057796862.1 |
Pfam | PF05678 |
VQ | Motif | 29 | 55 | 1.2e-10 | 41.4 | VQ motif |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。