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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000552

染色体: Chr02 坐标: 7741022-7742327 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000552
名称SmilChr02G000552
描述sigma factor binding protein 1, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向7741022 - 7742327 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012899
GeneID131012899
locus_tag-
NCBI NameLOC131012899
原始查询SmilChr02G000552

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述sigma factor binding protein 1, chloroplastic-like
产物sigma factor binding protein 1%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT3G56710 (SIB1)
sigma factor binding protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824838]
identity=32.4; qcov=1.09; evalue=2.7e-10; confidence=low
RiceOs01g0808900 (OsVQ4)
-
identity=72.2; qcov=0.265; evalue=1.56e-12; confidence=weak
GOGO:0051091 (GO:0051091)
KEGG-
PfamPF05678 (VQ)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012899

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057796862.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796862.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796862.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796862.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057796862.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796862.1
136 aa
N
1
68
136
VQ
C
PF05678 VQ 29-55 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796862.1 Pfam PF05678 VQ Motif 29 55 1.2e-10 41.4 VQ motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940879.1
TCAAATATAAATTTTAAACAAAGTTGGTGTATTTATACATGCAATTTTTTCTTTTTAAAAGAGTAATAATCATGAAACAAACTTCTCATTTAGCTAGGTTGAAATAACGAACCCTTCCAACAGCCTTCTAGAATCAATAATATTTTTCCAGATACCATGCATTTACACATATTCCACAGGCTTCTCAATCACCGTACCAATGATATCACAGTACGTGTATACAACATATCCATTAAATTTTCCGAGTCACCTAAGGCTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012899
ATGAACGGCGGTGATCGAAGCATGGTGAAGAAAGGCTACAAAGGGAAGAAGAAGAAGAGCGAGCAGCTCCTCAAAGTAGTGTACATTTCTAGCCCCATGAAAGTCAAGACTAGCGCCTCAAGATTTAGGTCTCTTGTGCAAGAACTCACCGGCAAAAACTCGGACGTGTCGCAATACATGGACGATGGAGCCAAAGACTTCTATCACGAGATCGATTGTGAGCATCAATCTATAGCATCGGTATCGACAGACGATAATAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796862.1
MNGGDRSMVKKGYKGKKKKSEQLLKVVYISSPMKVKTSASRFRSLVQELTGKNSDVSQYMDDGAKDFYHEIDCEHQSIASVSTDDNTPTSSDSLQGHMDLDAFTSQMRDQFSGIFSSDSFYDPSQLDVLGSFDELL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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