Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000571

染色体: Chr02 坐标: 8068674-8071081 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000571
名称SmilChr02G000571
描述probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At1g35710
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向8068674 - 8071081 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007944
GeneID131007944
locus_tag-
NCBI NameLOC131007944
原始查询SmilChr02G000571

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At1g35710
产物probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At1g35710
ArabidopsisAT1G17230 (AT1G17230)
Leucine-rich receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838294]
identity=37; qcov=0.967; evalue=6.89e-100; confidence=medium
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=36.7; qcov=0.97; evalue=1.13e-103; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007944

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057790837.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790837.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790837.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790837.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790837.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:8068695 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 10 A13,A7,B108,B115,B4,B50,B68,C49,C50,D7
Chr2:8068721 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B32,B86,C25,C53
Chr2:8068727 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,D10
Chr2:8068776 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr2:8068811 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr2:8068892 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C31
Chr2:8068901 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B15,B66,C37,D8
Chr2:8068948 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89
Chr2:8069026 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:8069034 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr2:8069039 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 1 B104
Chr2:8069039 T TG 1bp_insertion CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790837.1
699 aa
N
1
350
699
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 33-73 aa PF13855 LRR_8 127-185 aa PF00560 LRR_1 150-172 aa PF23598 LRR_14 167-280 aa PF00560 LRR_1 174-196 aa PF00560 LRR_1 198-220 aa PF13855 LRR_8 198-259 aa PF00560 LRR_1 248-270 aa PF00560 LRR_1 296-318 aa PF00560 LRR_1 370-391 aa PF13855 LRR_8 370-428 aa PF00560 LRR_1 443-464 aa PF00560 LRR_1 466-488 aa PF00560 LRR_1 592-613 aa PF00560 LRR_1 664-681 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790837.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 73 1.1e-08 35.9 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057790837.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 127 185 2e-43 146.7 Leucine rich repeat
XP_057790837.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 150 172 3.5e-50 157.8 Leucine Rich Repeat
XP_057790837.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 167 280 5.3e-41 141.3 Leucine-rich repeat region
XP_057790837.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 174 196 3.5e-50 157.8 Leucine Rich Repeat
XP_057790837.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 198 220 3.5e-50 157.8 Leucine Rich Repeat
XP_057790837.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 198 259 2e-43 146.7 Leucine rich repeat
XP_057790837.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 248 270 3.5e-50 157.8 Leucine Rich Repeat
XP_057790837.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 296 318 3.5e-50 157.8 Leucine Rich Repeat
XP_057790837.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 370 391 3.5e-50 157.8 Leucine Rich Repeat
XP_057790837.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 370 428 2e-43 146.7 Leucine rich repeat
XP_057790837.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 443 464 3.5e-50 157.8 Leucine Rich Repeat
XP_057790837.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 466 488 3.5e-50 157.8 Leucine Rich Repeat
XP_057790837.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 592 613 3.5e-50 157.8 Leucine Rich Repeat
XP_057790837.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 664 681 3.5e-50 157.8 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934854.1
ATGGAGAAAAAGCTTTATTGCATTTTTGCATATGCATTCCTAATTACCATATCCTTCCAAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTATGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACAACACATCACCTCCGACCCTTCTCTTTTACTTTCAACTAATTGGACCAATTCGAGCTCCGTCTGCAACTGGATTGGCGTCGCTTGCAGCTTGCGCCACCAAAGAGTAGCTGCGTTGAATCTCTCCAACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007944
ATGGAGAAAAAGCTTTATTGCATTTTTGCATATGCATTCCTAATTACCATATCCTTCCAAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTATGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACAACACATCACCTCCGACCCTTCTCTTTTACTTTCAACTAATTGGACCAATTCGAGCTCCGTCTGCAACTGGATTGGCGTCGCTTGCAGCTTGCGCCACCAAAGAGTAGCTGCGTTGAATCTCTCCAACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790837.1
MEKKLYCIFAYAFLITISFQMLSSEAKQPMSLATDQTALLSLKQHITSDPSLLLSTNWTNSSSVCNWIGVACSLRHQRVAALNLSNMALSGTIPPQLGHLSFLVSLDLTNNLFHGDLPHELSLLRRLKFISLRLNNFGGDFPPIFSQLPKLEYLNLRNNSFIGSIPKSLSNLTNLQFLDLTSNSLSGEIPKEFGRLQSLQYLGVQSNRLSGAIPSTIFNLSTLVVLAFMRNNELSGSLPSDMCRNLPSLTGLYLSDNQLS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器