Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000584`

染色体: Chr02 坐标: 8398960-8401155 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000584`
名称	SmilChr02G000584
描述	uncharacterized SmilChr02G000584
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	8398960 - 8401155 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007948`
GeneID	`131007948`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007948`
原始查询	`SmilChr02G000584`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G06740` (MUG3) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669] identity=26.5; qcov=0.875; evalue=3.45e-60; confidence=low
Rice	`Os12g0597300` - identity=28.1; qcov=0.88; evalue=1.6e-68; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00872 (Transposase_mut); PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007948

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057790840.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790840.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790840.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057790840.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057790840.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:8398961`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	41	A20,A24,A5,B103,B105,B121,B126,B130,B138,B17,B22,B27,B31,B4,B48,B49,B57,B6,B64,B8,B9,B91,C10,C14,C27,C29,C38,C40,C48,C49,C5,C50,C52,C54,C56,C64,C70,C72,C76,C8,D1
`Chr2:8398974`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A6,B107,B3,C30,C56
`Chr2:8398987`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr2:8398988`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,B113,B121
`Chr2:8398990`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B73
`Chr2:8398990`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B73
`Chr2:8399001`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A20,B111,B125,B32
`Chr2:8399062`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B113
`Chr2:8399069`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,B139
`Chr2:8399071`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A10
`Chr2:8399073`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B117,B47,C33
`Chr2:8399073`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B117,B47,C33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790840.1

650 aa

325

650

MULE

Transposase_mut

PF10551 MULE 275-359 aa PF00872 Transposase_mut 292-436 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790840.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	275	359	8.2e-13	49.3	MULE transposase domain
`XP_057790840.1`	Pfam	`PF00872`	Transposase_mut	Family	292	436	5.2e-06	26.3	Transposase, Mutator family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934857.1
ATGATCAGTCAACGGGTTGGCCTTCATGGGATTAGCCAAATCCCTGATGATCAATATACAAACGAGTCTCAGTTTGTGGAGAATGCTGGTAATGTAGATGAAGATTATGTTCCATCGTCTGAAGCCGAGACTGATACAAGCGCCTCTGAAGACTTGTCGGAGCCAGAGAACGTGAGAAGGGCAGGGATTGAATATGCAGGTTGGCAGAATTTGCAGATCGATGACGATGATGACGAACAGGTTCCTGGAGCAGATGAACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007948
ATGATCAGTCAACGGGTTGGCCTTCATGGGATTAGCCAAATCCCTGATGATCAATATACAAACGAGTCTCAGTTTGTGGAGAATGCTGGTAATGTAGATGAAGATTATGTTCCATCGTCTGAAGCCGAGACTGATACAAGCGCCTCTGAAGACTTGTCGGAGCCAGAGAACGTGAGAAGGGCAGGGATTGAATATGCAGGTTGGCAGAATTTGCAGATCGATGACGATGATGACGAACAGGTTCCTGGAGCAGATGAACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790840.1
MISQRVGLHGISQIPDDQYTNESQFVENAGNVDEDYVPSSEAETDTSASEDLSEPENVRRAGIEYAGWQNLQIDDDDDEQVPGADELTNWLVPVIPLDAAAALGKEFSVTKSDSRRIYFKCKHSDTCPFKLHASSQDGSIWGVYKFTNEHSCDGDLGRIARIKAPAKVVATYLAQKIHDDCEILKPKAIQLELRREFGVQIKYDVALRARNRATEMVYGRHDQSFEMLPKYLYMLRQSNPGSMVEWEVDDDGRFKHLFVA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器