Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000588`

染色体: Chr02 坐标: 8445328-8446504 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000588`
名称	SmilChr02G000588
描述	uncharacterized SmilChr02G000588
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	8445328 - 8446504 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007949`
GeneID	`131007949`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007949`
原始查询	`SmilChr02G000588`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	TTF-type zinc finger protein with HAT dimerization domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240332]; symbol=AT2G06541; hit=AT2G06541; species=arabidopsis; confidence=low
产物	TTF-type zinc finger protein with HAT dimerization domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240332]; symbol=AT2G06541; hit=AT2G06541; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT2G06541` (AT2G06541) TTF-type zinc finger protein with HAT dimerization domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240332] identity=34.3; qcov=1.25; evalue=3.54e-43; confidence=low
Rice	`Os02g0301400` - identity=46.2; qcov=0.391; evalue=1.76e-24; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14291 (DUF4371); PF27073 (FAM200-ZBED5_RNase-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007949

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057790841.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057790841.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790841.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790841.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057790841.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:8445355`	`ACT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	B120,B27,C47,C9,D11
`Chr2:8445355`	`ACT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	5	B120,B27,C47,C9,D11
`Chr2:8445363`	`TAG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	90	A1,A14,A16,A2,A20,A24,A9,B1,B10,B109,B112,B115,B121,B122,B124,B127,B130,B133,B135,B138,B14,B140,B15,B19,B2,B22,B23,B24,B25,B27,B30,B34,B4,B42,B43,B44,B45,B48,B49,B5,B55,B58,B59,B61,B69,B7,B72,B73,B79,B80,B81,B89,B90,B92,B93,B95,C11,C13,C18,C2,C20,C26,C27,C28,C30,C31,C32,C40,C41,C43,C44,C50,C54,C60,C61,C64,C66,C69,C72,C73,C74,C78,C81,C83,C85,C87,D1,D2,D5,D7
`Chr2:8445376`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	32	A20,A21,A5,A8,B100,B125,B13,B132,B137,B138,B139,B25,B33,B46,B52,B67,B8,B90,C1,C18,C19,C21,C35,C37,C4,C56,C7,C73,C76,C86,D11,D6
`Chr2:8445414`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B120,B27,C47,C9,D11
`Chr2:8445418`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102
`Chr2:8445427`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:8445569`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D2
`Chr2:8445577`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B120
`Chr2:8445577`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B120
`Chr2:8445620`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr2:8445667`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B120,B27,C37,C47,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790841.1

271 aa

136

271

DUF4371

FAM200-ZBED5_RNase-like

PF14291 DUF4371 1-41 aa PF14291 DUF4371 49-155 aa PF27073 FAM200-ZBED5_RNase-like 75-153 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790841.1`	Pfam	`PF14291`	DUF4371	Domain	1	41	4.5e-60	203.9	ZMYM1/FAM200, RNase-like domain
`XP_057790841.1`	Pfam	`PF14291`	DUF4371	Domain	49	155	4.5e-60	203.9	ZMYM1/FAM200, RNase-like domain
`XP_057790841.1`	Pfam	`PF27073`	FAM200-ZBED5_RNase-like	Domain	75	153	1.6e-06	28.6	FAM200/ZBED5 RNase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934858.1
ATGAATCAAGCCCAACACATTGAAGTGACTCTTTCTAGAGTATCAAAACAATCGAAGATTGATTATCGTTGTAGATTGAATGCTTCGATTGTTTGTCTTCGCTATCTTATTAGGCAAGATATATCTAATGTTGTATTGAAAAATGCTCCTGACATCCAAAGTGATATCATAAATGCAGTTGCAGTTGAGACAACAAAAGCTATCATTATGGATATTGAAAATGACTTTTTCTCTATTTTAGTTGATGAGTGTCGGGATGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007949
ATGAATCAAGCCCAACACATTGAAGTGACTCTTTCTAGAGTATCAAAACAATCGAAGATTGATTATCGTTGTAGATTGAATGCTTCGATTGTTTGTCTTCGCTATCTTATTAGGCAAGATATATCTAATGTTGTATTGAAAAATGCTCCTGACATCCAAAGTGATATCATAAATGCAGTTGCAGTTGAGACAACAAAAGCTATCATTATGGATATTGAAAATGACTTTTTCTCTATTTTAGTTGATGAGTGTCGGGATGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790841.1
MNQAQHIEVTLSRVSKQSKIDYRCRLNASIVCLRYLIRQDISNVVLKNAPDIQSDIINAVAVETTKAIIMDIENDFFSILVDECRDVSVKEQMGVVIRYVDKNGCAIERFLGLVHVSDTAATSLEMGIDSLFSTHGLSVSSLRGQGYDGASNMREMELKRPGDTRWSSHYGTLINLMHLFSSIIDVLEYVGNNGNDDAQRAEAIDLLEVMNHFEFVFVLHIMRQILGITHELSQVLQRKDQDIVNAMNLVKVEKTCLQAM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器