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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000591

染色体: Chr02 坐标: 8465855-8466898 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000591
名称SmilChr02G000591
描述uncharacterized SmilChr02G000591
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向8465855 - 8466898 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007952
GeneID131007952
locus_tag-
NCBI NameLOC131007952
原始查询SmilChr02G000591

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007952

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790845.1
2 Chromosome 染色体 0.60000 XP_057790845.1
3 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057790845.1
4 Nucleolar fibrillar center Nucleolar fibrillar center 0.20000 XP_057790845.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790845.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:8465856 T TGA 2bp_insertion frameshift_variant 31 A16,A3,B1,B101,B111,B120,B139,B22,B23,B3,B30,B33,B34,B37,B40,B41,B44,B58,B61,B66,B67,B69,B75,B76,B81,C10,C14,C15,C25,C45,C80
Chr2:8465860 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B31,C22,C30,C87
Chr2:8465881 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,C86,C87
Chr2:8465893 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B138,B96
Chr2:8465896 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,C86,C87
Chr2:8465913 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D11,D7
Chr2:8466619 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B7,C11,C69
Chr2:8466622 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C53,C64
Chr2:8466627 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,C72
Chr2:8466633 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,B91
Chr2:8466647 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 24 A18,A21,B12,B2,B28,B32,B36,B49,B79,B80,B82,B88,B95,B98,C18,C40,C50,C71,C73,C86,C87,D11,D4,D5
Chr2:8466656 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 63 A1,A14,A16,A2,A24,A9,B10,B103,B112,B115,B119,B121,B126,B127,B130,B133,B135,B138,B14,B140,B15,B19,B2,B23,B25,B34,B37,B42,B43,B45,B48,B5,B55,B61,B65,B7,B72,B80,B81,B90,B92,B93,B95,C12,C13,C26,C28,C31,C32,C40,C43,C54,C60,C61,C68,C72,C74,C80,C85,C87,D11,D2,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934862.1
ATGAAGGATGAAGAAAGAGTCAAGCTCAAGATGGAAAACAAGAGCGCTTGCTGGGAGGCAACCCAGCGTTGTTATTCGCCCGAGGACAGAGGACGGGCTGACGTTTTACGGCAGAAGGAGCAGGAGACCGCAAGAGCAGCCGTTGAGTTAAAACAACCGGAGGAGCCGGAAGAAGAGGAGCCTGAGTCTACTCCCCCTGTGAAGAAGTCGAAGAAAGCCCCAACGGGCAAGGCAACGAAGGCAACTCCAGCACGGTCCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007952
ATGAAGGATGAAGAAAGAGTCAAGCTCAAGATGGAAAACAAGAGCGCTTGCTGGGAGGCAACCCAGCGTTGTTATTCGCCCGAGGACAGAGGACGGGCTGACGTTTTACGGCAGAAGGAGCAGGAGACCGCAAGAGCAGCCGTTGAGTTAAAACAACCGGAGGAGCCGGAAGAAGAGGAGCCTGAGTCTACTCCCCCTGTGAAGAAGTCGAAGAAAGCCCCAACGGGCAAGGCAACGAAGGCAACTCCAGCACGGTCCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790845.1
MKDEERVKLKMENKSACWEATQRCYSPEDRGRADVLRQKEQETARAAVELKQPEEPEEEEPESTPPVKKSKKAPTGKATKATPARSVAAPPPPVQAQPPSQIPETSMQQGKTASEDTEEK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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