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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000612

染色体: Chr02 坐标: 8936817-8943434 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000612
名称SmilChr02G000612
描述uncharacterized SmilChr02G000612
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向8936817 - 8943434 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012942
GeneID131012942
locus_tag-
NCBI NameLOC131012942
原始查询SmilChr02G000612

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF02992 (Transposase_21); PF03004 (Transposase_24); PF13952 (DUF4216); PF13960 (DUF4218)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012942

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057796899.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057796899.1
3 Telomere 端粒 0.20000 XP_057796899.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796900.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796900.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796899.1
991 aa
N
1
496
991
Transposase_21
DUF4218
DUF4216
C
PF02992 Transposase_21 156-368 aa PF13960 DUF4218 552-665 aa PF13952 DUF4216 834-907 aa
XP_057796900.1
394 aa
N
1
197
394
Transposase_24
C
PF03004 Transposase_24 177-304 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796899.1 Pfam PF02992 Transposase_21 Family 156 368 5.2e-79 265.1 Transposase family tnp2
XP_057796899.1 Pfam PF13960 DUF4218 Domain 552 665 1.9e-40 138.0 Domain of unknown function (DUF4218)
XP_057796899.1 Pfam PF13952 DUF4216 Domain 834 907 2.5e-17 63.9 Domain of unknown function (DUF4216)
XP_057796900.1 Pfam PF03004 Transposase_24 Family 177 304 2.3e-13 51.2 Plant transposase (Ptta/En/Spm family)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940917.1
CAAAAAAGCGCGTATTTACCGGCGAAAACTACCGGCGGCGATTTTGCCGTCGGTAGATAACGGCGGCAAGGCGGCGGCATTGCAGGCGACCCGAAATTTCGAAATTACCGGCCAGTTACCGACGGCAAACTCGCCGCCGGTATGTAACGGCGGCGTCGCCGTCGTTAATGTTAAAATACGCATTATTTAATTAAATTTATAGACTTAGCGGCGGCAAAATCCCCGCCGCTATATAGCGGCGGCATTTGCCGTCGGTAACC...
XM_057940916.1
TAGTAATTATCAAGATCCTCCAAATCTGGAGCAGCCGCCCAATAATGACGCTCAACAGATTTATAATATGTTGGATGCAGCGGATACTCCATTGTACGCAGGATGTGACACGTACTCACAATTAAGTTGGATGACTCAATTCATGAGCATAAAGACTGAAAGCCACATGTCAGAGAGGACTTACAATCAGATGTCTTCGATGATGAAAGCTGCTTTACCAGAGGGTAACAACTGTCCAGAAGACTTCTATAGTACGAAAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131012942
ATGTTGGATGCAGCGGATACTCCATTGTACGCAGGATGTGACACGTACTCACAATTAAGTTGGATGACTCAATTCATGAGCATAAAGACTGAAAGCCACATGTCAGAGAGGACTTACAATCAGATGTCTTCGATGATGAAAGCTGCTTTACCAGAGGGTAACAACTGTCCAGAAGACTTCTATAGTACGAAAAGAAATCTACGTGGTTTGGGTTTGCCAGTAGAGAAGATCGATTGCTGTGTTAATAACTGCATGTTGTA...
LOC131012942
ATGTCTACCTCTCGAGGTTTGTTGGGATTTGGGAGGCAATCTGGCGTTAATGCGCCAGAAGCTACAGCAGATACATCTGATGGGTCTGGGACGCATATTTCTGGGACTCCCGAGACTCCCAATGCTTCTAGTAGTTCACGGGCTAGAAGGCCTAGGGGCCCTACAGCTGCCGCTATCAGAGAGAGAGAGGTTAAGGCACCTGATGGGAGGACGGTATTTCAGAGGCATCCTGAGACTGGTGTTTTGTTGGAGCCCACTGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057796899.1
MLDAADTPLYAGCDTYSQLSWMTQFMSIKTESHMSERTYNQMSSMMKAALPEGNNCPEDFYSTKRNLRGLGLPVEKIDCCVNNCMLYWGETSELHSCMFCDQSRYKDSLRASGSRRKKQVPAKQMHYFPLTPRLQRLFASPATAEHMRWHATSTDDGIMRHPADSPAWKHLNSVFPGFADEIRNVRLGLSTDGFAPFAQSGRQYSSWPVIVTPYNLPPWLCMKEQFMFLTVLVPGPSNPKMKLDVFLQPLIHELKSLWEV...
XP_057796900.1
MSTSRGLLGFGRQSGVNAPEATADTSDGSGTHISGTPETPNASSSSRARRPRGPTAAAIREREVKAPDGRTVFQRHPETGVLLEPTGLSKACTCTFKMFENTGGYTWKLTPPAMKDKFFDELQKEFTWKPEDEHDVRIMWETKARKRYSDMMSDYKSTLKQCISQGREMSRPVWMTPDFWTGLRDYWHQPEVEAVSTRARANRMSEPDGEGTGISRHVGGSQSTRILQQYMSLDPGTPQDAPNYATFLRLHTYADGSYTS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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