当前解析结果
SmilChr02G000613| 统一新 Gene ID | SmilChr02G000613 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G000613 |
| 描述 | NDR1/HIN1-like protein 26 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 8944679 - 8945757 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131012949 |
|---|---|
| GeneID | 131012949 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012949 |
| 原始查询 | SmilChr02G000613 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NDR1/HIN1-like protein 26 |
| 产物 | NDR1/HIN1-like protein 26 |
| Arabidopsis | AT4G05220 (AT4G05220)Late embryosis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825870] identity=52.6; qcov=0.982; evalue=7.1e-80; confidence=high |
| Rice | Os07g0531500 (P0681F05.132)- identity=35.9; qcov=0.912; evalue=4.98e-45; confidence=medium |
| GO | GO:0098542 (defense response to other organism) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03168 (LEA_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012949 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057796914.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057796914.1 |
| 3 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.20000 | XP_057796914.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057796914.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057796914.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:8945101 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A13,B63 |
Chr2:8945317 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
Chr2:8945547 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B66 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057796914.1PF03168
LEA_2 90-191 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057796914.1 |
Pfam | PF03168 |
LEA_2 | Domain | 90 | 191 | 1.1e-08 | 36.1 | Late embryogenesis abundant protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。