Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000627`

染色体: Chr02 坐标: 9367945-9370806 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000627`
名称	SmilChr02G000627
描述	CRIB domain-containing protein RIC10-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	9367945 - 9370806 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012952`
GeneID	`131012952`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012952`
原始查询	`SmilChr02G000627`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	CRIB domain-containing protein RIC10-like
产物	CRIB domain-containing protein RIC10-like
Arabidopsis	`AT4G04900` (RIC10) ROP-interactive CRIB motif-containing protein 10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825829] identity=61.2; qcov=0.438; evalue=1.28e-20; confidence=low
Rice	`Os06g0681300` - identity=48.3; qcov=0.569; evalue=1.4e-18; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00786 (PBD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012952

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057796917.1`
2	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057796917.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057796917.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057796917.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796917.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:9370337`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B120,D11
`Chr2:9370354`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B29,C43
`Chr2:9370360`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:9370387`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B69,C85
`Chr2:9370392`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B95,D10
`Chr2:9370396`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A14,A9,B66,C26
`Chr2:9370441`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796917.1

153 aa

153

PBD

PF00786 PBD 27-51 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796917.1`	Pfam	`PF00786`	PBD	Domain	27	51	8.7e-06	26.7	P21-Rho-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940934.1
ATTTTTGTGGTATCTCCACATCTTTTCCTCCCTCTCTCTCTTGTTTCTCTCCCATTTCTCTCTTCCCTCAACCTCCAAAAATATTCCCACAGCCACCAAACACAATTCGCGTTGGATTACTTCTCCGACAACGCCACCGACCCCAGCCCTATATTTCCTCAAAATCATTCCACTTTCTCTTGATTTTCTTCATTCGATGCCGACGTTAATTCTTCTGCTAATCAGCTCATCATTTCCTCGAATTATCTCGACTCATTGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012952
ATGGGAACAAAAATGAAGGGGATATATAAAGGATTCAAATACAGCCTCACTCAAATGTTTGTGAAGGAGCCAGAAATGGAAATTGGGGGTCCCACTGATGTGAAGCATGTAGCACATATTGGGCTGGATGGATCCTCCGGAAGTGCACCCTCTTGGATGAATGAATACAAGACAGGGAATGATTTTGCAGCAACATCAATTGGTAACGGCTCGGGTTCTGGATCCGGCATTTCTCCATGGTCATCTCGAGAATTTGGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796917.1
MGTKMKGIYKGFKYSLTQMFVKEPEMEIGGPTDVKHVAHIGLDGSSGSAPSWMNEYKTGNDFAATSIGNGSGSGSGISPWSSREFGESMRQQSQSDEPSTEVAAVKKKERRKKPRSNNSPKSNGSCSSRPSRQGKPKAKFIEDNAKTTNIEVV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器