Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000649

染色体: Chr02 坐标: 9836147-9840619 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000649
名称SmilChr02G000649
描述probable serine/threonine-protein kinase PBL23
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向9836147 - 9840619 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013667
GeneID131013667
locus_tag-
NCBI NameLOC131013667
原始查询SmilChr02G000649

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable serine/threonine-protein kinase PBL23
产物probable serine/threonine-protein kinase PBL23
ArabidopsisAT3G20530 (AT3G20530)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821599]
identity=65.8; qcov=0.909; evalue=3.65e-155; confidence=high
RiceOs02g0513000 (OsRLCK72)
-
identity=63.9; qcov=0.914; evalue=3.44e-151; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013667

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057797776.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057797776.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797776.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797776.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797776.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:9836602 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B39
Chr2:9836615 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr2:9836627 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,C69
Chr2:9838144 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B20,D2
Chr2:9838153 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B108,C23,C71
Chr2:9838221 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr2:9838492 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,C71
Chr2:9838537 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B120
Chr2:9838682 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B137,B33,B46,C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797776.1
361 aa
N
1
180
361
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 79-339 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 80-288 aa
XP_057797777.1
361 aa
N
1
180
361
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 79-339 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 80-288 aa
XP_057797778.1
361 aa
N
1
180
361
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 79-339 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 80-288 aa
XP_057797779.1
361 aa
N
1
180
361
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 79-339 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 80-288 aa
XP_057797780.1
361 aa
N
1
180
361
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 79-339 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 80-288 aa
XP_057797781.1
361 aa
N
1
180
361
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 79-339 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 80-288 aa
XP_057797782.1
361 aa
N
1
180
361
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 79-339 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 80-288 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797776.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 79 339 6.8e-42 144.4 Protein kinase domain
XP_057797776.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 80 288 1.8e-41 142.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057797777.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 79 339 6.8e-42 144.4 Protein kinase domain
XP_057797777.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 80 288 1.8e-41 142.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057797778.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 79 339 6.8e-42 144.4 Protein kinase domain
XP_057797778.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 80 288 1.8e-41 142.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057797779.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 79 339 6.8e-42 144.4 Protein kinase domain
XP_057797779.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 80 288 1.8e-41 142.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057797780.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 79 339 6.8e-42 144.4 Protein kinase domain
XP_057797780.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 80 288 1.8e-41 142.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057797781.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 79 339 6.8e-42 144.4 Protein kinase domain
XP_057797781.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 80 288 1.8e-41 142.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057797782.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 79 339 6.8e-42 144.4 Protein kinase domain
XP_057797782.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 80 288 1.8e-41 142.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941799.1
AAACTTAGCAAATATAATAAAACACATGAAAATTGCAACTGGTTATAAGTCTTTGTAATTCGAGTTGAGCGGGAGGGAGATAGAGCCACACAGATGGAGGGGGAGAGAGAGAGTAGAGCGTCTGTTACTGTGTAGGTTTTTCTCCCTAATCTTGACTTGATTTTTCTTTTGATTCCCATTGAGTTTTGAGGTTCAACAATCCAAAAAACCGAAAAATAATTCAGAACTGAAACCCTGAATGCACCTTGGTGCGCCTCAAC...
XM_057941797.1
AAACTTAGCAAATATAATAAAACACATGAAAATTGCAACTGGTTATAAGTCTTTGTAATTCGAGTTGAGCGGGAGGGAGATAGAGCCACACAGATGGAGGGGGAGAGAGAGAGTAGAGCGTCTGTTACTGTGTAGGTTTTTCTCCCTAATCTTGACTTGATTTTTCTTTTGATTCCCATTGAGTTTTGAGGTTCAACAATCCAAAAAACCGAAAAATAATTCAGAACTGAAACCCTGAATGCACCTTGGTGCGCCTCAAC...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC131013667
ATGAGGAGTGTTCTAAAAGCTTCAAAAAGTTCTCTTCAACAGATCAAGTCAACAAAATACAATGCCGTGGAGGCGTTGTCATCTGCAGTTTCCAGAAGCGTTTCGTTGAATGCTGCTGCTGGCAAACAGAGGAAAATACCGGAGAATACGACCAAGCATGGCATGGTAGCACCCGGTAAGGTATTCACCTTCCAAGAACTGGCGAGTGCGACAGAGAACTTCAACCCCGACCTTCTAGTTGGTGAAGGAGGATTTGGGAG...
LOC131013667
ATGAGGAGTGTTCTAAAAGCTTCAAAAAGTTCTCTTCAACAGATCAAGTCAACAAAATACAATGCCGTGGAGGCGTTGTCATCTGCAGTTTCCAGAAGCGTTTCGTTGAATGCTGCTGCTGGCAAACAGAGGAAAATACCGGAGAATACGACCAAGCATGGCATGGTAGCACCCGGTAAGGTATTCACCTTCCAAGAACTGGCGAGTGCGACAGAGAACTTCAACCCCGACCTTCTAGTTGGTGAAGGAGGATTTGGGAG...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057797776.1
MRSVLKASKSSLQQIKSTKYNAVEALSSAVSRSVSLNAAAGKQRKIPENTTKHGMVAPGKVFTFQELASATENFNPDLLVGEGGFGRVYKGRLKKTKQVVAVKQLDRNKDQDNTEFLTEVLALSLIQHPNLVSLIGYCADGRQRILVYEYMHYGSLEDHLLDLPPDKRALDWFTRMKIARGAARGLEYLHDTACPPIIFRDFKASNILLDEEFNPKLSGFGPEERDEVSTRVMGTYGYAAPEYAQTGKLTTKSDVYSFGV...
XP_057797777.1
MRSVLKASKSSLQQIKSTKYNAVEALSSAVSRSVSLNAAAGKQRKIPENTTKHGMVAPGKVFTFQELASATENFNPDLLVGEGGFGRVYKGRLKKTKQVVAVKQLDRNKDQDNTEFLTEVLALSLIQHPNLVSLIGYCADGRQRILVYEYMHYGSLEDHLLDLPPDKRALDWFTRMKIARGAARGLEYLHDTACPPIIFRDFKASNILLDEEFNPKLSGFGPEERDEVSTRVMGTYGYAAPEYAQTGKLTTKSDVYSFGV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器