Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000654`

染色体: Chr02 坐标: 9883552-9888933 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000654`
名称	SmilChr02G000654
描述	cytochrome P450 716B1-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	9883552 - 9888933 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013663`
GeneID	`131013663`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013663`
原始查询	`SmilChr02G000654`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cytochrome P450 716B1-like
产物	cytochrome P450 716B1-like
Arabidopsis	`AT5G36110` (CYP716A1) cytochrome P450, family 716, subfamily A, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833607] identity=34.8; qcov=0.928; evalue=2.15e-102; confidence=low
Rice	`Os07g0520300` (OJ1793_E11.119) - identity=52; qcov=0.951; evalue=1.06e-165; confidence=high
GO	GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016125 (sterol metabolic process); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG	-
Pfam	PF00067 (p450)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013663

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057797771.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057797771.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057797771.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797771.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797771.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:9883843`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A19,B74,B94,C71
`Chr2:9885895`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B20,D2
`Chr2:9885895`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B20,D2
`Chr2:9885990`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B104
`Chr2:9885990`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:9886160`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr2:9886319`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B64
`Chr2:9886319`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B64
`Chr2:9886405`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	141	A10,A11,A13,A14,A18,A20,A22,A23,A3,A5,A7,A8,A9,B1,B10,B101,B103,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B111,B117,B118,B121,B123,B124,B126,B127,B129,B13,B130,B132,B133,B134,B135,B136,B139,B14,B140,B16,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B29,B30,B33,B34,B35,B36,B37,B40,B41,B46,B49,B5,B50,B52,B53,B55,B56,B57,B58,B6,B60,B64,B66,B68,B72,B78,B79,B81,B82,B84,B87,B88,B9,B91,B94,B95,B96,B97,C12,C13,C14,C16,C19,C20,C22,C23,C26,C30,C31,C33,C34,C35,C36,C37,C4,C40,C41,C45,C48,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C57,C58,C59,C60,C62,C63,C67,C72,C74,C76,C77,C78,C79,C8,C81,C84,C85,D1,D11,D2,D4,D5,D7,D9
`Chr2:9886407`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	136	A10,A11,A13,A14,A18,A20,A22,A23,A3,A5,A7,A8,A9,B1,B10,B101,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B111,B117,B118,B121,B123,B124,B126,B127,B129,B13,B130,B132,B133,B134,B135,B136,B139,B14,B140,B16,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B29,B30,B33,B34,B35,B36,B37,B40,B41,B46,B49,B5,B50,B52,B53,B55,B56,B57,B58,B6,B60,B64,B66,B72,B78,B79,B81,B82,B84,B87,B88,B9,B91,B94,B95,B96,B97,C12,C13,C16,C19,C20,C22,C23,C26,C30,C31,C33,C34,C35,C36,C37,C4,C40,C41,C45,C48,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C57,C58,C59,C60,C62,C63,C67,C72,C74,C76,C77,C78,C79,C8,C81,C84,C85,D11,D2,D4,D5,D7,D9
`Chr2:9886425`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr2:9888506`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B108,B117,B20,C23,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797771.1

486 aa

243

486

p450

PF00067 p450 30-456 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797771.1`	Pfam	`PF00067`	p450	Domain	30	456	1.6e-68	232.3	Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941788.1
TTTCTCTCTCACATCATATCAATGGAGTCGACGACTTTCTTCTCGTTCCTCGCATTTCTCTCTCTCCTCTTCTTCCTCATCAAGAACATGATTCACAACACAAGGGTTCCGCCGGGCTCGTTAGGCATTCCGATCATCGGCCAAAGCCTTGAGTTTCTGAAGGCGATGAGGGCCGACAGAACAGAGGAGTGGCTGCAAGAAAGGGCCCGAAAATACGGCCCGATTTCGAAGCTCAACATCTTCGGAACCAAGACGGTATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013663
ATGGAGTCGACGACTTTCTTCTCGTTCCTCGCATTTCTCTCTCTCCTCTTCTTCCTCATCAAGAACATGATTCACAACACAAGGGTTCCGCCGGGCTCGTTAGGCATTCCGATCATCGGCCAAAGCCTTGAGTTTCTGAAGGCGATGAGGGCCGACAGAACAGAGGAGTGGCTGCAAGAAAGGGCCCGAAAATACGGCCCGATTTCGAAGCTCAACATCTTCGGAACCAAGACGGTATTCCTAACGGGCCAAGCGCACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797771.1
MESTTFFSFLAFLSLLFFLIKNMIHNTRVPPGSLGIPIIGQSLEFLKAMRADRTEEWLQERARKYGPISKLNIFGTKTVFLTGQAHNKFIYSSDEQTLSNKQPPSVRRLLGERNLLEMSSEDHRRMRGAILSFLKPEALKQYVGKMDQEIRLHLAHHWHHDHEISVMPLMKTLTFDMICTLLFGLERGERRETLVHLFQHVIDGMLTVPINLPFTRLNRAIRARSEAGAIIRALIREKREKLEREEGTPDEQDLIISLLS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器