Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000656

染色体: Chr02 坐标: 9968660-9969301 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000656
名称SmilChr02G000656
描述uncharacterized SmilChr02G000656
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向9968660 - 9969301 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007975
GeneID131007975
locus_tag-
NCBI NameLOC131007975
原始查询SmilChr02G000656

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述TTF-type zinc finger protein with HAT dimerization domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838509]; symbol=AT1G19260; hit=AT1G19260; species=arabidopsis; confidence=medium
产物TTF-type zinc finger protein with HAT dimerization domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838509]; symbol=AT1G19260; hit=AT1G19260; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G19260 (AT1G19260)
TTF-type zinc finger protein with HAT dimerization domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838509]
identity=38.8; qcov=0.944; evalue=1.15e-34; confidence=medium
Rice-
-
GOGO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG-
PfamPF05699 (Dimer_Tnp_hAT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007975

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790864.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057790864.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790864.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790864.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057790864.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:9968670 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,D5
Chr2:9969019 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B40,C78,D5
Chr2:9969022 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B40,C78,D5
Chr2:9969022 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B40,C78,D5
Chr2:9969201 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790864.1
213 aa
N
1
106
213
Dimer_Tnp_hAT
C
PF05699 Dimer_Tnp_hAT 128-184 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790864.1 Pfam PF05699 Dimer_Tnp_hAT Domain 128 184 1.6e-09 38.2 hAT family C-terminal dimerisation region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934881.1
ATGAATGGTGTGCGTCGATCAAGTAGAGGTCATGCTCGGAACAATCCTGTCACGTGGGAGCACCATTATCGAGTCAACATCTTCTATGGAACAATAGATTGCATATTGCAAGAATTGGGATTTAGATTCAAGGAAGATGCAATTGAGTTGTTAAAGTTGAGTTCATCTTTGGATCCACGACGTGGGTATGAATTGTTTAGTATTGATGATATTTGCAAGCTAGTTGAGAAGTACTATCCGGCTGATTTTTCAAGTCAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007975
ATGAATGGTGTGCGTCGATCAAGTAGAGGTCATGCTCGGAACAATCCTGTCACGTGGGAGCACCATTATCGAGTCAACATCTTCTATGGAACAATAGATTGCATATTGCAAGAATTGGGATTTAGATTCAAGGAAGATGCAATTGAGTTGTTAAAGTTGAGTTCATCTTTGGATCCACGACGTGGGTATGAATTGTTTAGTATTGATGATATTTGCAAGCTAGTTGAGAAGTACTATCCGGCTGATTTTTCAAGTCAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790864.1
MNGVRRSSRGHARNNPVTWEHHYRVNIFYGTIDCILQELGFRFKEDAIELLKLSSSLDPRRGYELFSIDDICKLVEKYYPADFSSQDKLHLKYQLELYELDIRKSAHFQHVETLPELCQLLSKTGKSVIYYLVDRLIRLILTLPVSTATSERAFSVMKIVKTRLRNKMEDDFLSSSLIMFIEREIAQSFDVDSIIDEFDLMKTRRSQLKIGCK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器