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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000664

染色体: Chr02 坐标: 10205962-10207458 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000664
名称SmilChr02G000664
描述uncharacterized SmilChr02G000664
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向10205962 - 10207458 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007979
GeneID131007979
locus_tag-
NCBI NameLOC131007979
原始查询SmilChr02G000664

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Ulp1 protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834593]; symbol=AT5G45570; hit=AT5G45570; species=arabidopsis; confidence=low
产物Ulp1 protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834593]; symbol=AT5G45570; hit=AT5G45570; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G45570 (AT5G45570)
Ulp1 protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834593]
identity=26.9; qcov=0.456; evalue=7.34e-06; confidence=low
Rice-
-
GOGO:0006508 (proteolysis); GO:0008234 (cysteine-type peptidase activity)
KEGG-
PfamPF02902 (Peptidase_C48)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007979

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790869.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057790869.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057790869.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790869.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790869.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:10205984 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C32
Chr2:10205989 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C12,C31
Chr2:10205997 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 23 A10,A15,B100,B120,B138,B41,B44,B5,B51,B54,B61,B63,B71,B72,B83,B91,C11,C21,C29,C52,C70,C74,C86
Chr2:10206053 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C3,C32,C35,D3
Chr2:10206055 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B39,C60,C85
Chr2:10206068 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B98,C32,C34,C35
Chr2:10206072 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr2:10206074 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,C60
Chr2:10206105 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr2:10206109 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr2:10206123 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B134,B98,D4
Chr2:10206126 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,C39,C80,C85,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790869.1
318 aa
N
1
159
318
Peptidase_C48
C
PF02902 Peptidase_C48 147-287 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790869.1 Pfam PF02902 Peptidase_C48 Domain 147 287 1.5e-12 48.5 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934886.1
ATGAGGATGCCATCTGCAGCATGTAAAAGTCCATTCCGGCGTGATGATGTCAGAGGAACAAATTTTCTTAGGTACCTGAGGAGCAAAGAAGCTGAACAGAGGAATGTGGGTTTGCCATATCTGGTGGACAAAAATTGGTTTGGTCTGATAAAGAAGACCACCGAAAAGCTAGACAGTCAAAGCATAGACTCTTACCTTGCCGTGCTAGCAGCAAAACCAGAGTTGGCTGGTTTTGAAGGAATTGAATTCCCTGCAAACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007979
ATGAGGATGCCATCTGCAGCATGTAAAAGTCCATTCCGGCGTGATGATGTCAGAGGAACAAATTTTCTTAGGTACCTGAGGAGCAAAGAAGCTGAACAGAGGAATGTGGGTTTGCCATATCTGGTGGACAAAAATTGGTTTGGTCTGATAAAGAAGACCACCGAAAAGCTAGACAGTCAAAGCATAGACTCTTACCTTGCCGTGCTAGCAGCAAAACCAGAGTTGGCTGGTTTTGAAGGAATTGAATTCCCTGCAAACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790869.1
MRMPSAACKSPFRRDDVRGTNFLRYLRSKEAEQRNVGLPYLVDKNWFGLIKKTTEKLDSQSIDSYLAVLAAKPELAGFEGIEFPANIAITGTMFSATIDQVWNELHGKDPKGTTYDPKSEEIIQEEQMKRLCLFAVGKEPRWGEYVKKWNDVEKLIMIVHFNDHWATCLVNFTDHELTIYDSNQHKFDDIHLDIRQCAFLPICRIIPQILKKIGYYEKRNVDGKYTEWIYSYPYDGSNNLKQLDSVSCGVLSIKYVEMML...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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