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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000666

染色体: Chr02 坐标: 10231927-10233018 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000666
名称SmilChr02G000666
描述protein S40-7-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向10231927 - 10233018 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013676
GeneID131013676
locus_tag-
NCBI NameLOC131013676
原始查询SmilChr02G000666

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein S40-7-like
产物protein S40-7-like
ArabidopsisAT4G04630 (AT4G04630)
senescence regulator (Protein of unknown function, DUF584) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825795]
identity=45.3; qcov=0.942; evalue=1.34e-28; confidence=medium
RiceOs05g0531100 (Dfu584)
-
identity=36.9; qcov=0.713; evalue=7.28e-15; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF04520 (Senescence_reg)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013676

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057797789.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057797789.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057797789.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797789.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797789.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:10232235 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16
Chr2:10232480 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797789.1
171 aa
N
1
86
171
Senescence_reg
C
PF04520 Senescence_reg 33-171 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797789.1 Pfam PF04520 Senescence_reg Family 33 171 4.7e-32 112.9 Senescence regulator

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941806.1
ATAACCATAGCTCGACTCATTATCTACATCCCTCTTGATTTTTGTCGTTTTCGAGGTTCTGTTCATTTTTTCGTTTTCGAGTTAGGTCGTTTTTGAGTTCTTGATTAATGTGATTTCTCACGAATTTTGCCACTCTCTTTCACTCTCACTCTCTCTCCCTCCTACTTTCTCTCTCAATCGAGGGAAATAAAAATGTTGCGGTATAGAAGCTCTAGTTCAACTCACTAGGTCCAAAAAAAAAACATAAATTCTTCTATCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013676
ATGGAAGATTCCTACGGTGGCTATAGCGGCGGCGGAAAGAAGGCGGTGGATCAAGCTGAGGATCTTCAAGAAGAGGAAGTGTGGGCAATGATCAATGCAAGAGAAGGTTCAAACTCGAGCTCCAAAACCAAAAGCAAACGCGATTTCTCATCATCGTCATATGCATGGCACGTCGAAGGCGGCGGAGAGGAGTCCTCGCTGCCGCAAAGGGCGGCGCGCCACCGGTCCTCGGCCCCTGTGGAGATTCCCGACTGCTCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797789.1
MEDSYGGYSGGGKKAVDQAEDLQEEEVWAMINAREGSNSSSKTKSKRDFSSSSYAWHVEGGGEESSLPQRAARHRSSAPVEIPDCSKILKKNKKKITRDGACDAHSCDSKVDAEEEEEGEDEAPPHEVLARRLARTRIVSHSMCEGVGRTLKGRDLSKTRNAILTKTGFIE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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