Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000669

染色体: Chr02 坐标: 10334269-10336147 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000669
名称SmilChr02G000669
描述geraniol 8-hydroxylase-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向10334269 - 10336147 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013679
GeneID131013679
locus_tag-
NCBI NameLOC131013679
原始查询SmilChr02G000669

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述geraniol 8-hydroxylase-like
产物geraniol 8-hydroxylase-like
ArabidopsisAT2G45570 (CYP76C2)
cytochrome P450, family 76, subfamily C, polypeptide 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819165]
identity=48.5; qcov=0.968; evalue=5.81e-154; confidence=high
RiceOs03g0248200
-
identity=49.9; qcov=0.992; evalue=5.27e-151; confidence=high
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013679

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057797790.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057797790.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797790.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797790.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797790.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:10334471 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B45,B8,C12,C4
Chr2:10334515 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,B53
Chr2:10334527 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,B135,B83
Chr2:10334643 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B45,B90,B92,C12
Chr2:10334666 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,C36
Chr2:10334701 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,A15,B119,C21
Chr2:10334773 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B45,B90,B92,C12
Chr2:10334868 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B119
Chr2:10334868 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B119
Chr2:10335021 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr2:10335146 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A13
Chr2:10335412 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797790.1
475 aa
N
1
238
475
p450
C
PF00067 p450 23-460 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797790.1 Pfam PF00067 p450 Domain 23 460 3.5e-101 340.0 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941807.1
AAGTTATAAATAACTAGATAGTCCCTCCCTCACAATCAAAAATTTAAAACACTAATTTCTCAAATCACAACTCCCAACCAATTACATTTCTCATGGATTTCCTTACAAGCGCAGTGGGATTATTACTAGCCTTAATCTTGTACCATGGTATCAAAACAGGGCCGACGCCGCTGCCCCTCATCGGAAACCTCCACCTGCTCGGCGATCACCCCCACAAATCCCTCGCTCGCCTAGCCAACATCCACGGCCCCCTCATGCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013679
ATGGATTTCCTTACAAGCGCAGTGGGATTATTACTAGCCTTAATCTTGTACCATGGTATCAAAACAGGGCCGACGCCGCTGCCCCTCATCGGAAACCTCCACCTGCTCGGCGATCACCCCCACAAATCCCTCGCTCGCCTAGCCAACATCCACGGCCCCCTCATGCGCCTCCGCCTCGGCTTCGTAAACACCATCGTCGTCTCCTCCGCCGACGTGGCCAAACAAGTCCTGCAGAAGCACGACCTGGCCTTCTCCAGCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797790.1
MDFLTSAVGLLLALILYHGIKTGPTPLPLIGNLHLLGDHPHKSLARLANIHGPLMRLRLGFVNTIVVSSADVAKQVLQKHDLAFSSRTVPNALHAQDHFKYSVVWLPAASQWRTLRKVMNSNIFSASCLDANEHLRSRKVDELIEYCRTAGAVDVGRAAFRTTLNSLSNTTFSIDLTDPFSDSAKEFKQLVSGIMEEAGKPNLVDFFPFLARFDPQGIRRRMTVYFGKVIDLFSSLIDQKLEKRKYRDQEETCDDVIDTL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器