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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000672

染色体: Chr02 坐标: 10363358-10368799 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000672
名称SmilChr02G000672
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向10363358 - 10368799 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013681
GeneID131013681
locus_tag-
NCBI NameLOC131013681
原始查询SmilChr02G000672

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=38.6; qcov=0.83; evalue=0; confidence=medium
RiceOs02g0215500
-
identity=38; qcov=1.01; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013681

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057797792.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797792.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797792.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797792.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797792.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:10363545 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr2:10363565 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 5 B1,B79,B83,C28,C39
Chr2:10363565 CT C 1bp_deletion CDS_variant 5 B1,B79,B83,C28,C39
Chr2:10363594 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr2:10363596 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 2 B10,B135
Chr2:10363596 C CAT 2bp_insertion CDS_variant 2 B10,B135
Chr2:10363738 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,B37,B91
Chr2:10363821 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B29,B97,C23
Chr2:10363844 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 A23,C29,C60
Chr2:10363844 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,C29,C60
Chr2:10363847 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr2:10363944 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B7,B79,C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797792.1
1136 aa
N
1
568
1136
LRRNT_2
LRR_14
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 33-72 aa PF23598 LRR_14 81-252 aa PF13855 LRR_8 124-184 aa PF00560 LRR_1 125-147 aa PF00560 LRR_1 149-171 aa PF13855 LRR_8 197-256 aa PF00560 LRR_1 223-244 aa PF13855 LRR_8 223-281 aa PF00560 LRR_1 246-268 aa PF00560 LRR_1 270-292 aa PF00560 LRR_1 344-365 aa PF13855 LRR_8 344-402 aa PF00560 LRR_1 417-438 aa PF13855 LRR_8 417-475 aa PF00560 LRR_1 440-462 aa PF00560 LRR_1 520-542 aa PF00560 LRR_1 592-613 aa PF00560 LRR_1 641-662 aa PF00560 LRR_1 665-686 aa PF00560 LRR_1 712-734 aa PF00069 Pkinase 855-1123 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 858-1127 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797792.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 72 7.6e-09 36.4 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057797792.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 81 252 1.2e-46 159.8 Leucine-rich repeat region
XP_057797792.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 124 184 5.4e-50 167.7 Leucine rich repeat
XP_057797792.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 125 147 9.1e-57 177.4 Leucine Rich Repeat
XP_057797792.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 149 171 9.1e-57 177.4 Leucine Rich Repeat
XP_057797792.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 197 256 5.4e-50 167.7 Leucine rich repeat
XP_057797792.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 223 244 9.1e-57 177.4 Leucine Rich Repeat
XP_057797792.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 223 281 5.4e-50 167.7 Leucine rich repeat
XP_057797792.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 246 268 9.1e-57 177.4 Leucine Rich Repeat
XP_057797792.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 270 292 9.1e-57 177.4 Leucine Rich Repeat
XP_057797792.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 344 365 9.1e-57 177.4 Leucine Rich Repeat
XP_057797792.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 344 402 5.4e-50 167.7 Leucine rich repeat
XP_057797792.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 417 438 9.1e-57 177.4 Leucine Rich Repeat
XP_057797792.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 417 475 5.4e-50 167.7 Leucine rich repeat
XP_057797792.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 440 462 9.1e-57 177.4 Leucine Rich Repeat
XP_057797792.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 520 542 9.1e-57 177.4 Leucine Rich Repeat
XP_057797792.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 592 613 9.1e-57 177.4 Leucine Rich Repeat
XP_057797792.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 641 662 9.1e-57 177.4 Leucine Rich Repeat
XP_057797792.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 665 686 9.1e-57 177.4 Leucine Rich Repeat
XP_057797792.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 712 734 9.1e-57 177.4 Leucine Rich Repeat
XP_057797792.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 855 1123 7.3e-38 131.2 Protein kinase domain
XP_057797792.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 858 1127 5.1e-38 131.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941809.1
TCGTAGAAAAACTTAGTGCGAGAAGACGCATCCATTCCATTAATCCCTTCCTTCCTCCAACACATCTAACATACATACCATCAATTTACAGGCATGGCGAGAAACTACTATTATTGCATTTTTGCATATGCATTCCTTATAACCTTCCAAATACATACTTGTCTAGCCAAAATGCCGATGACCCTTGCTACTGATCAAATATCCCTTCTTGCCCTAAAAATGAGCATAAACTCAGACCCATCTCGTCTACTTGCAACAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013681
ATGGCGAGAAACTACTATTATTGCATTTTTGCATATGCATTCCTTATAACCTTCCAAATACATACTTGTCTAGCCAAAATGCCGATGACCCTTGCTACTGATCAAATATCCCTTCTTGCCCTAAAAATGAGCATAAACTCAGACCCATCTCGTCTACTTGCAACAAATTGGACCAACTCGAGCTCCGTGTGCAGCTGGATCGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCAAAGAGTAGCTGCTTTGAACCTCTCCTACATGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797792.1
MARNYYYCIFAYAFLITFQIHTCLAKMPMTLATDQISLLALKMSINSDPSRLLATNWTNSSSVCSWIGVTCSLRHQRVAALNLSYMSLSGTIPPQLGHLSFLVSLDLRSNLFHGDLPQELSLLRRLKFISLRHNNFTGDIPKSLANLTNLQTLDLISNSLSGEIPKELGGLPSLRKLWIESNGLSGAIPSAIFNISTLESIALSSNKLSGSLPTDMCSNLPFLTRIYLSENQLSGAIPTNLSQCSRLEVLSLSYNSFSGQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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