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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000679

染色体: Chr02 坐标: 10634598-10635767 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000679
名称SmilChr02G000679
描述uncharacterized SmilChr02G000679
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向10634598 - 10635767 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007984
GeneID131007984
locus_tag-
NCBI NameLOC131007984
原始查询SmilChr02G000679

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0439900
-
identity=35.2; qcov=0.373; evalue=4.24e-13; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007984

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057790874.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057790874.1
3 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057790874.1
4 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057790874.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057790874.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:10634610 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 31 A25,A6,A9,B101,B105,B107,B124,B127,B18,B20,B28,B40,B5,B57,B61,B64,B71,C18,C38,C40,C43,C49,C51,C52,C57,C58,C59,C60,C62,C71,C80
Chr2:10634616 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B53,C17
Chr2:10634616 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,C17
Chr2:10634622 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr2:10634631 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr2:10634632 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr2:10634647 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B14,C66
Chr2:10634688 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 A9,B13,C76
Chr2:10634688 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B13,C76
Chr2:10634701 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr2:10634724 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C48,D7
Chr2:10634756 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 3 B8,C3,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934891.1
ATGGATATCAAACAGGACCAGAATGAAACACTGCGGGAGTATACTGCCAGGTTCAACCTAGCCGCCCTGGAGGTGCCAGAGGCGGAGTCGCAAATTAAGAATTGCGCTTATGTCAGAGGACTAAAGCCGGGTTTATTCTTCGACGAACTACAAATCAGACCGGCCAGGGATTTCGACGACATTATGGCAAGATTGCCAGGCTATTTACAGTTGGAAGACGCCAGGATGGCGCGAAAGGTGGAAAATGATAAGCACAAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007984
ATGGATATCAAACAGGACCAGAATGAAACACTGCGGGAGTATACTGCCAGGTTCAACCTAGCCGCCCTGGAGGTGCCAGAGGCGGAGTCGCAAATTAAGAATTGCGCTTATGTCAGAGGACTAAAGCCGGGTTTATTCTTCGACGAACTACAAATCAGACCGGCCAGGGATTTCGACGACATTATGGCAAGATTGCCAGGCTATTTACAGTTGGAAGACGCCAGGATGGCGCGAAAGGTGGAAAATGATAAGCACAAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790874.1
MDIKQDQNETLREYTARFNLAALEVPEAESQIKNCAYVRGLKPGLFFDELQIRPARDFDDIMARLPGYLQLEDARMARKVENDKHKARRAEAASESNTRHQDRAPFRGLPPRVLPPQGEMPPRHQRTVNEVTRFTEYTPLNKPHEEIFHLIKNQPFFRAPGTYRDGPPQEGPNNKLCEYHNTYGHYTRFCGHLKHQLEPLVRQGNLDQFIDKENEGQRRNQENDQRDHRDQRDHRDQMDQRNNREQRQEQGNNQDRRPED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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