Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000688`

染色体: Chr02 坐标: 10971005-10973024 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000688`
名称	SmilChr02G000688
描述	geraniol 8-hydroxylase-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	10971005 - 10973024 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013691`
GeneID	`131013691`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013691`
原始查询	`SmilChr02G000688`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	geraniol 8-hydroxylase-like
产物	geraniol 8-hydroxylase-like
Arabidopsis	`AT2G45550` (CYP76C4) cytochrome P450, family 76, subfamily C, polypeptide 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819163] identity=45.5; qcov=1.04; evalue=6.65e-157; confidence=high
Rice	`Os03g0248200` - identity=50.6; qcov=0.973; evalue=1.4e-155; confidence=high
GO	GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG	-
Pfam	PF00067 (p450)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013691

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057797801.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057797801.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057797801.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797801.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797801.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:10971079`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,C67
`Chr2:10971129`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A4,B90
`Chr2:10971204`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,D11
`Chr2:10971224`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr2:10971270`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A4,B45,B90,B92,C12
`Chr2:10971330`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B56,B71,C23
`Chr2:10971640`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B102,B104,B107,B13,D11
`Chr2:10971872`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr2:10972177`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A9,B24,B49,B79
`Chr2:10972300`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B82
`Chr2:10972300`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B82
`Chr2:10972428`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797801.1

487 aa

244

487

p450

PF00067 p450 33-473 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797801.1`	Pfam	`PF00067`	p450	Domain	33	473	1.8e-102	344.2	Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941818.1
CAATCACAAAAATTACTAATTTCTCAAATCACAACTCCCAACCAATTGCATTTCTCATGGATTTCCTTACAAGCGCAGTTGGATTATTACTAGCCTTAATCTTGTACCATGGTATCAAAACAGTCACCCTGAGGGGCAAAAACCTCCCGCTACCGCCAGGGCCGACGCCGCTGCCCCTCATCGGAAACCTCCACCTGCTCGGCGATCACCCCCACAAATCCCTCGCTCGCCTAGCCAACATCCACGGCCCCCTCATGCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013691
ATGGATTTCCTTACAAGCGCAGTTGGATTATTACTAGCCTTAATCTTGTACCATGGTATCAAAACAGTCACCCTGAGGGGCAAAAACCTCCCGCTACCGCCAGGGCCGACGCCGCTGCCCCTCATCGGAAACCTCCACCTGCTCGGCGATCACCCCCACAAATCCCTCGCTCGCCTAGCCAACATCCACGGCCCCCTCATGCGCCTCCGCCTCGGCTTCGTAAACACCGTCGTCGTCTCCTCCGCCGACGTGGCCAAACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797801.1
MDFLTSAVGLLLALILYHGIKTVTLRGKNLPLPPGPTPLPLIGNLHLLGDHPHKSLARLANIHGPLMRLRLGFVNTVVVSSADVAKQVLQKHDLAFSSRTVPNALHAQDHFKYSVVWLPAASQWRTLRKVMNSNIFSASCLDANEHLRSRKVDELIAYCRTVGAVDVGSAAFRTTLNLLSNTIFSIDLTDPFSDSAKEFKQLVSGIMEEAGKPNLVDFFPFLARFDPQGIRRRMTVNFGKVIDLFSSLIDQKMEKRKCRD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器