Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000704`

染色体: Chr02 坐标: 11317401-11320128 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000704`
名称	SmilChr02G000704
描述	uncharacterized SmilChr02G000704
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	11317401 - 11320128 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011187`
GeneID	`131011187`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011187`
原始查询	`SmilChr02G000704`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842501]; symbol=AT1G62050; hit=AT1G62050; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842501]; symbol=AT1G62050; hit=AT1G62050; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G62050` (AT1G62050) Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842501] identity=57.1; qcov=1.09; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0512100` - identity=46.6; qcov=1.03; evalue=8.15e-142; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG	-
Pfam	PF11904 (ANKRD13_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011187

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057794967.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057794967.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057794967.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794967.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794967.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:11317521`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,B120,C87
`Chr2:11317564`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B107,C37,C71
`Chr2:11317578`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C54,C74
`Chr2:11317584`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B100,C54,C74
`Chr2:11317657`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	8	B100,B13,B67,B85,C25,C31,C54,C74
`Chr2:11317697`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B69
`Chr2:11317697`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B69
`Chr2:11317765`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr2:11318670`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B66,C26
`Chr2:11318679`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr2:11318694`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,B10,B135,B32
`Chr2:11318769`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B64,C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794967.1

562 aa

281

562

ANKRD13_C

PF11904 ANKRD13_C 193-541 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794967.1`	Pfam	`PF11904`	ANKRD13_C	Domain	193	541	3.3e-92	310.2	ANKRD13 C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938984.1
AAAGATTCACCAAAAGCCGCGCCGGGTAGACTCAATATTTACACTTCCTTTTCTTAAAGAAAAAGTCCTCAAAAAAATACGCTATATACTGCAACAGCTCTCACACAGTCGCCCACAATATTTCCCTTATTAACTGCATGAACAATTGGTGCACCATAACTCACCATTATTTCTACTCACCAAATATAGCGGCGCAGTTTCAAGCAACCAAACTGCCCAATTTGTTCAAATGTCCAAATCTTCGGCGGCGGCCACCGTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011187
ATGTCCAAATCTTCGGCGGCGGCCACCGTCGTGCGGCCACAAGACTACGCCGACAGCCCCGCCCACTACGCGGTGGCGACAGGCGATCACGCCACCCTCACCAAGCTCATAGCCCCCTTGCCCAAACTATCCGACCCCATCCGCATCCACACCGAGTCCGAATCCCTAGCCGAGGAGCGCCTCGCCGAGCGAATCTCCGCCGCTCTCGACCGTCGCGACAACCGCCTCAGGGAGACCCCGCTCCACCTCGCCGTCCGCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794967.1
MSKSSAAATVVRPQDYADSPAHYAVATGDHATLTKLIAPLPKLSDPIRIHTESESLAEERLAERISAALDRRDNRLRETPLHLAVRLNDGAAVRALAAAGADISLQNAAGWNPLQEALLRRCPAIVPVLVQYHHLATWSKWRRRLPRLAAALRRMRDFYMEISFHFESSVVPFVGKIAPSDTYRIWKRGGNLRADTSLAGYDGLKIQRANQSILFLNDEGICNGDVVSPQLGSLLILNHDEKKISNAFENAGNPLSDAEI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器