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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000717

染色体: Chr02 坐标: 11527730-11531309 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000717
名称SmilChr02G000717
描述uncharacterized SmilChr02G000717
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向11527730 - 11531309 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011203
GeneID131011203
locus_tag-
NCBI NameLOC131011203
原始查询SmilChr02G000717

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os05g0585900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os05g0585900; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT4G01100 (ADNT1)
adenine nucleotide transporter 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827899]
identity=79.7; qcov=0.434; evalue=6.04e-34; confidence=low
RiceOs05g0585900
-
identity=84.1; qcov=0.434; evalue=9.96e-35; confidence=low
GOGO:0004042 (L-glutamate N-acetyltransferase activity, acting on acetyl-CoA as donor); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006526 (L-arginine biosynthetic process)
KEGG-
PfamPF00153 (Mito_carr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011203

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057794980.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057794980.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794980.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794980.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794980.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:11528287 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr2:11528540 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,B86
Chr2:11530142 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 35 A10,A13,A18,A20,A4,B104,B106,B108,B11,B114,B119,B126,B140,B17,B35,B66,B72,B73,B93,C11,C25,C30,C31,C35,C40,C65,C67,C69,C75,C79,C82,C83,D10,D11,D2
Chr2:11530214 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B104
Chr2:11530214 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:11530733 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794980.1
159 aa
N
1
80
159
Mito_carr
C
PF00153 Mito_carr 32-85 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794980.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 32 85 3.2e-12 46.7 Mitochondrial carrier protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009096785.1
TCTCTCTCGTTCTTCCTTCTCCGGCGCATCTCTCCGTCTGCCATTTCACCCTCATCGCCTCTCTCTATGGCCTCTGATGAAATCCGGCGAGCCGCCGCTTTCAACGGCTCTATGCTCTCTCTCCCTTCTTTGTCTTCCAATGAACCCCCACCTCCAAATCTAGAACCCTAGGACTTCGACTTCTCCGCGCCGCCCTTTTCCGCCGATCTTTCCGCGCTGCCTTCTCTCCCCGTCAATATCCACGGACGCCTCATTCTGTT...
XM_057938997.1
TCTCTCTCGTTCTTCCTTCTCCGGCGCATCTCTCCGTCTGCCATTTCACCCTCATCGCCTCTCTCTATGGCCTCTGATGAAATCCGGCGAGCCGCCGCTTTCAACGGCTCTATGCTCTCTCTCCCTTCTTTGTCTTCCAATGAACCCCCACCTCCAAATCTAGAACCCTAGGACTTCGACTTCTCCGCGCCGCCCTTTTCCGCCGATCTTTCCGCGCTGCCTTCTCTCCCCGTCAATATCCACGGACGCCTCATTCTGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011203
ATGCCTTCGTTGTTATCCGTCAATACTTGTTGTCTCCACTTCACCGCATTGCGTTGCAGTTATCCACAATCAATTCGTGAAATTGAGGTTCAAAATTCACAGAATATAAAGTACAATGGTACTATTCAAGGGTTGAAGTACATATGGAGAACTGAGGGATTTAGGGTCTTGTTCAAAGGGAATGGCACTAATTATGCTCGAATTGTCCCAAATTCAGCTGTAAAATTCTTCAGCTATGAGCAAGCATCCAAGGGTATATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794980.1
MPSLLSVNTCCLHFTALRCSYPQSIREIEVQNSQNIKYNGTIQGLKYIWRTEGFRVLFKGNGTNYARIVPNSAVKFFSYEQASKGILYLYQQQTGNGCEPKYFTDGVSVASGNFLAAKRRGVVEGIDYGSTGEVKKVDVSRIQLLGKIFVQSGNNIKLC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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