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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000724

染色体: Chr02 坐标: 11701744-11705225 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000724
名称SmilChr02G000724
描述peroxisomal membrane protein PMP22-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向11701744 - 11705225 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011211
GeneID131011211
locus_tag-
NCBI NameLOC131011211
原始查询SmilChr02G000724

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述peroxisomal membrane protein PMP22-like
产物peroxisomal membrane protein PMP22-like
ArabidopsisAT4G04470 (PMP22)
Peroxisomal membrane 22 kDa (Mpv17/PMP22) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825777]
identity=61.4; qcov=0.995; evalue=2.09e-84; confidence=high
RiceOs02g0226000
-
identity=59; qcov=0.989; evalue=6.8e-82; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0016020 (membrane)
KEGGsmil04146 (Peroxisome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF04117 (Mpv17_PMP22)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011211

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057794984.1
2 Peroxisome membrane 过氧化物酶体膜 0.60000 XP_057794984.1
3 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.40000 XP_057794984.1
4 Peroxisome 过氧化物酶体 0.40000 XP_057794984.1
5 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.20000 XP_057794984.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:11701922 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794984.1
185 aa
N
1
92
185
Mpv17_PMP22
C
PF04117 Mpv17_PMP22 114-174 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794984.1 Pfam PF04117 Mpv17_PMP22 Family 114 174 2.7e-17 63.2 Mpv17 / PMP22 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939001.1
AATATATTAATTTTGTATTCATTGATGATGTATTTCCGTATAAAAGATTACCAACCCCTCCTCTTATTATACTAACTAATTAGATCCAAGCTGTAGATTCTAAACACAAATTTATTTCCACTTGCTACACGCTCCTACTCTAGTGTCGTCCCCTACTCGACCAATTTCCCAAGTAAAAATGCAAACATCTTAGTCCAAACGTTATAGTCAATCAACAAATAAAAAGGGATTCCGATACAATCAAATCATAACGTGGTAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011211
ATGGGATCGGTTGCGAAGAATGGCCTCCAACAGTATCTGATACAGCTCCAACAACATCCTTTGAGAACCAAAGTGATAACGGCGGGAGTGATTTCGGCAATTAGCGATATAACAGCGCAGAAACTCACCGGTATCAAGAAACTTCAAATCAGACGCCTTCTTCTCAAAGTGCTCTTTGGCTCCGCCTATATTGGACCATTCGGGCATTACTTTTACATACTGTTGGATAAAATTTTCAAGGGGAAGAAAGATAATAAAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794984.1
MGSVAKNGLQQYLIQLQQHPLRTKVITAGVISAISDITAQKLTGIKKLQIRRLLLKVLFGSAYIGPFGHYFYILLDKIFKGKKDNKTIGKKVLLEQLTSSPLNNLIFMLYYGLVIEARPWLQVKSKIKKEFPAVQYTAWTFSPVVGWVNHQYVPLQLRVVFGSVAGFFWAIFMNLRAKSMAIKKD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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