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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000725

染色体: Chr02 坐标: 11784668-11785267 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000725
名称SmilChr02G000725
描述uncharacterized SmilChr02G000725
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向11784668 - 11785267 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007995
GeneID131007995
locus_tag-
NCBI NameLOC131007995
原始查询SmilChr02G000725

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007995

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790885.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057790885.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790885.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790885.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790885.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:11784700 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C25
Chr2:11784736 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B136,B68,C19
Chr2:11784813 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr2:11784824 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,B100
Chr2:11784835 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr2:11784850 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B115
Chr2:11784864 TTA T 2bp_deletion frameshift_variant 24 B103,B106,B107,B125,B129,B16,B28,B33,B40,B41,B44,B65,B98,C1,C20,C21,C23,C30,C44,C46,C49,C58,C75,C87
Chr2:11784867 C CCT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B28
Chr2:11784867 C CCT 2bp_insertion CDS_variant 1 B28
Chr2:11784868 C CCA 2bp_insertion frameshift_variant 23 B103,B106,B107,B125,B129,B16,B33,B40,B41,B44,B65,B98,C1,C20,C21,C23,C30,C44,C46,C49,C58,C75,C87
Chr2:11784880 CCT C 2bp_deletion frameshift_variant 5 A25,B10,B106,B44,B78
Chr2:11784880 CCT C 2bp_deletion CDS_variant 5 A25,B10,B106,B44,B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934902.1
ATGGAAGGAATAAGGTCGATGAGGAACCTGCCTCTTGGGGAGGCTCCCGTCCCGCAAAATTTGGACGAAGTTACTAAGCCTGAGATGAATGCACCAGACCAAGGCTTTCCCCCAGCGGCCATTCAAACTCCGGTGCCTTTGTTTATCCGTCTCATGGATAAGAGTGAAGGAGAGGAAGGCAAGAAGAAGGGGAAAGAAAAGACGAAGACGAGGGAGGAGGGTGGGGATGGTAAGAAGAGGGGACAGAACAACTCCACGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007995
ATGGAAGGAATAAGGTCGATGAGGAACCTGCCTCTTGGGGAGGCTCCCGTCCCGCAAAATTTGGACGAAGTTACTAAGCCTGAGATGAATGCACCAGACCAAGGCTTTCCCCCAGCGGCCATTCAAACTCCGGTGCCTTTGTTTATCCGTCTCATGGATAAGAGTGAAGGAGAGGAAGGCAAGAAGAAGGGGAAAGAAAAGACGAAGACGAGGGAGGAGGGTGGGGATGGTAAGAAGAGGGGACAGAACAACTCCACGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790885.1
MEGIRSMRNLPLGEAPVPQNLDEVTKPEMNAPDQGFPPAAIQTPVPLFIRLMDKSEGEEGKKKGKEKTKTREEGGDGKKRGQNNSTWKRRARVGPTLKAGRGGRGGRTDGGERGGKLMDEGKKVEGVEEEGGKGKKELTVGKEGGSEGGTDRSLRGKKRGVGEMVDEEGEEMSRKCSRVSQEVDLVLTAEAAEQPRRSQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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