当前解析结果
SmilChr02G000726| 统一新 Gene ID | SmilChr02G000726 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G000726 |
| 描述 | probable F-box protein At4g22030 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 11793787 - 11795239 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131011212 |
|---|---|
| GeneID | 131011212 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011212 |
| 原始查询 | SmilChr02G000726 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable F-box protein At4g22030 |
| 产物 | probable F-box protein At4g22030 |
| Arabidopsis | AT4G22030 (AT4G22030)F-box protein with a domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828292] identity=46.8; qcov=1.06; evalue=2.76e-121; confidence=high |
| Rice | Os02g0225900- identity=47.6; qcov=0.827; evalue=4.39e-77; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF14476 (Chloroplast_duf) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011212 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.60000 | XP_057794985.1 |
| 2 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.20000 | XP_057794985.1 |
| 3 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.20000 | XP_057794985.1 |
| 4 | Lipid droplet | 脂滴 | 0.20000 | XP_057794985.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057794985.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:11794422 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B83 |
Chr2:11794923 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B41 |
Chr2:11795042 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B102,C76 |
Chr2:11795120 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B3,C34,C49 |
Chr2:11795122 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C36 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794985.1PF14476
Chloroplast_duf 80-390 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794985.1 |
Pfam | PF14476 |
Chloroplast_duf | Family | 80 | 390 | 7.2e-144 | 479.4 | Petal formation-expressed |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。