Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000733`

染色体: Chr02 坐标: 11901927-11905414 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000733`
名称	SmilChr02G000733
描述	probable F-box protein At4g22030
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	11901927 - 11905414 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007999`
GeneID	`131007999`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007999`
原始查询	`SmilChr02G000733`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable F-box protein At4g22030
产物	probable F-box protein At4g22030
Arabidopsis	`AT4G22030` (AT4G22030) F-box protein with a domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828292] identity=47.2; qcov=0.933; evalue=1.05e-120; confidence=high
Rice	`Os02g0225900` - identity=47.1; qcov=0.731; evalue=1.77e-76; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14476 (Chloroplast_duf)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007999

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057790888.1`
2	Lipid droplet	脂滴	0.20000	`XP_057790888.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057790888.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790888.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790888.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:11901947`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr2:11904170`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B101,B108,B120
`Chr2:11904170`	`C`	`CG`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B101,B108,B120
`Chr2:11904179`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,B11
`Chr2:11904366`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr2:11904830`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr2:11904848`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A25,B18,B23,B78,C21
`Chr2:11904909`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C54,C65,C84
`Chr2:11905042`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B8
`Chr2:11905077`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B7,C59
`Chr2:11905091`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B130,B7,C59
`Chr2:11905109`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790888.1

465 aa

232

465

Chloroplast_duf

PF14476 Chloroplast_duf 134-444 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790888.1`	Pfam	`PF14476`	Chloroplast_duf	Family	134	444	4.8e-144	480.0	Petal formation-expressed

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934905.1
ATGAGCTCGCACTTCTTCCGGAGGGAAGAATTCGTTGAAGCATCTATAAGTATCACTCTGGATGTTCTTGATAATCCTTTTGATATCGAAGGGTTCATCCTCAAAGATGACTTGGTTGCGGGCAAACCAAAGGTGATTAACTGGAAAAAGAGAAAGAAAAAGAAAATTGCAGCGATGAAGGCATCAAGCATAATAATGCAATCATCATCAATAACAATGAGTTCCAATAGAAGAGGAGGAATTACAAAGGCGGCAATAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007999
ATGAGCTCGCACTTCTTCCGGAGGGAAGAATTCGTTGAAGCATCTATAAGTATCACTCTGGATGTTCTTGATAATCCTTTTGATATCGAAGGGTTCATCCTCAAAGATGACTTGGTTGCGGGCAAACCAAAGGTGATTAACTGGAAAAAGAGAAAGAAAAAGAAAATTGCAGCGATGAAGGCATCAAGCATAATAATGCAATCATCATCAATAACAATGAGTTCCAATAGAAGAGGAGGAATTACAAAGGCGGCAATAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790888.1
MSSHFFRREEFVEASISITLDVLDNPFDIEGFILKDDLVAGKPKVINWKKRKKKKIAAMKASSIIMQSSSITMSSNRRGGITKAAINLPKRVTKISLPQLRGNTTSFEQLEKQLSPNVEALIEKDDGDALVVAKLHAIMEAVADRVEMHKNIGDQRKEWNSLLLSSINALTLAAATMAGIASTSHGDATAMTISSTAMYVAATGMLSIVNKIQPSQLAEEQRNATRLFKQLHTQIQTILSIGNPTPIHVNQIIEKVLALD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器