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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000749`

染色体: Chr02 坐标: 12179393-12184419 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000749`
名称	SmilChr02G000749
描述	probable pectate lyase 16
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	12179393 - 12184419 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011229`
GeneID	`131011229`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011229`
原始查询	`SmilChr02G000749`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable pectate lyase 16
产物	probable pectate lyase 16
Arabidopsis	`AT4G22080` (RHS14) root hair specific 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828297] identity=63.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0137201` (OsPLL4.2) - identity=56.3; qcov=0.879; evalue=5.29e-143; confidence=high
GO	GO:0030570 (pectate lyase activity)
KEGG	smil00040 (Pentose and glucuronate interconversions - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00544 (Pectate_lyase_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011229

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.80000	`XP_057794996.1`
2	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057794996.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057794996.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794996.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794996.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:12179766`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B17,B30,B50,B66,C33
`Chr2:12181720`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr2:12183199`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B134,B24,B41,B61
`Chr2:12183769`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A14
`Chr2:12183873`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B134,B24,B41,B61
`Chr2:12183882`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr2:12183898`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B106,B115,B136,B55
`Chr2:12183907`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B71,B88,B98,C62
`Chr2:12183915`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B134,B41,B61
`Chr2:12183994`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B29,B97,C2
`Chr2:12184070`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B51,B65,B89
`Chr2:12184137`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794996.1

398 aa

199

398

Pectate_lyase_4

PF00544 Pectate_lyase_4 134-332 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794996.1`	Pfam	`PF00544`	Pectate_lyase_4	Repeat	134	332	1.1e-27	97.7	Pectate lyase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939013.1
TCATCCATGGCAAAATACACTTCTCTTTTCATACTTACATGGCTATTTGCCTATTGCATTTCAAAAAATATTGCACATTCATCTCATCATAAAACTCAAAACAAAACGTCACCACATTCTAACATCCCTACATATCCTCGCCCAACTAGCAAGTTGATGAACAAAATCGACTCATGTTGGAGGCCCGACCCAAATTGGATCCTAACCCGGAAAAAATTAGCCGATTGTGCCATAGGATTTGGCAGTGGAGCCATGGGAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011229
ATGGCAAAATACACTTCTCTTTTCATACTTACATGGCTATTTGCCTATTGCATTTCAAAAAATATTGCACATTCATCTCATCATAAAACTCAAAACAAAACGTCACCACATTCTAACATCCCTACATATCCTCGCCCAACTAGCAAGTTGATGAACAAAATCGACTCATGTTGGAGGCCCGACCCAAATTGGATCCTAACCCGGAAAAAATTAGCCGATTGTGCCATAGGATTTGGCAGTGGAGCCATGGGAGGGAAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794996.1
MAKYTSLFILTWLFAYCISKNIAHSSHHKTQNKTSPHSNIPTYPRPTSKLMNKIDSCWRPDPNWILTRKKLADCAIGFGSGAMGGKNGAIYVVNDPSDDPINPKSGTLRYGAIQAQPLWIIFESDMAITLENELIVNSYKTIDGRGFRVEISNGPCITVEGVSHVIVHGLSIHDCKPGKPGLVRSSPDHVGHRLGSDGDAITILGSSNIWIDHCYLASCTDGLLDVTHASNFVTLSNNYFTQHDKVMLLGHNDEFTDDKI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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