Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000752`

染色体: Chr02 坐标: 12265035-12266446 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000752`
名称	SmilChr02G000752
描述	la-related protein 1A-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	12265035 - 12266446 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011231`
GeneID	`131011231`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011231`
原始查询	`SmilChr02G000752`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	la-related protein 1A-like
产物	la-related protein 1A-like
Arabidopsis	`AT5G66100` (LARP1b) winged-helix DNA-binding transcription factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836742] identity=51.8; qcov=0.374; evalue=3.62e-27; confidence=low
Rice	`Os03g0156500` - identity=49; qcov=0.441; evalue=2.27e-28; confidence=low
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006396 (RNA processing); GO:1990904 (ribonucleoprotein complex)
KEGG	-
Pfam	PF05383 (La)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011231

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057794998.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057794998.1`
3	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.40000	`XP_057794998.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794998.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794998.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:12265645`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:12265680`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C9
`Chr2:12265886`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:12266027`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B71,B88,B98,C62
`Chr2:12266030`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr2:12266193`	`GCA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C39
`Chr2:12266193`	`GCA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C39
`Chr2:12266274`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr2:12266328`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B11,C6,D10
`Chr2:12266331`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A25,B3,C29,C63
`Chr2:12266356`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B71,B98,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794998.1

222 aa

111

222

PF05383 La 135-192 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794998.1`	Pfam	`PF05383`	La	Domain	135	192	2.2e-23	82.6	La domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939015.1
CGTATTCTGATTACTTTGGTTAACCCGTTGCCATGCCTACTCATCAATCCACGGCTTCAAGATCAAACCCTAATGATCGACGTCGATTGCCGCCGCCACCACCTCCACCGTCACCGCCGGTTTGCTTCCCTTATTCGATGCTACCTTATAACCACCCATACGCGTCTGCGCCGCCAATGGGATTCATGCTGCCGCCGCCTTCGTTTGTTCCTCCACCACCACCACTAACAAAACCGCCTTGGAACAACTCTTGCATCTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011231
ATGCCTACTCATCAATCCACGGCTTCAAGATCAAACCCTAATGATCGACGTCGATTGCCGCCGCCACCACCTCCACCGTCACCGCCGGTTTGCTTCCCTTATTCGATGCTACCTTATAACCACCCATACGCGTCTGCGCCGCCAATGGGATTCATGCTGCCGCCGCCTTCGTTTGTTCCTCCACCACCACCACTAACAAAACCGCCTTGGAACAACTCTTGCATCTATACTCAAACATTGCATCCGCCTTATTGGTTTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794998.1
MPTHQSTASRSNPNDRRRLPPPPPPPSPPVCFPYSMLPYNHPYASAPPMGFMLPPPSFVPPPPPLTKPPWNNSCIYTQTLHPPYWFPHPTPTPTPPLPLPYCINYTTPPLHPPSNSLPPPSLSPISQEEDLRHKILKQIEYYFCDDNLATDVHLKDQMDIDNGWVPIELIARFNRIKEMTDDIKLILDSLKDSDIVEVEGDKLRRRTTWKKWIAYRQAASRN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器