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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000769

染色体: Chr02 坐标: 12669360-12671198 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000769
名称SmilChr02G000769
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g38150
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向12669360 - 12671198 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011248
GeneID131011248
locus_tag-
NCBI NameLOC131011248
原始查询SmilChr02G000769

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g38150
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g38150
ArabidopsisAT4G38150 (AT4G38150)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829971]
identity=51.9; qcov=1.04; evalue=1.38e-96; confidence=high
RiceOs01g0546500
-
identity=59.5; qcov=0.811; evalue=2.93e-90; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011248

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057795018.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795018.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795018.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795018.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057795018.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:12670012 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B50,C47,C7
Chr2:12670089 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C45
Chr2:12670189 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B139,C18
Chr2:12670312 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr2:12670345 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B29,B5,B97,C30
Chr2:12670384 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B29,B5,B97,C30
Chr2:12670429 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B139,C18
Chr2:12670429 C CT 1bp_insertion CDS_variant 2 B139,C18
Chr2:12670465 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr2:12670472 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:12670517 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B71,B98,C62
Chr2:12670571 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795018.1
286 aa
N
1
143
286
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR_3
PPR
C
PF01535 PPR 117-142 aa PF13812 PPR_3 137-190 aa PF12854 PPR_1 141-174 aa PF13041 PPR_2 145-192 aa PF01535 PPR 148-178 aa PF13041 PPR_2 194-231 aa PF12854 PPR_1 214-246 aa PF13812 PPR_3 214-249 aa PF01535 PPR 221-250 aa
XP_057795019.1
286 aa
N
1
143
286
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR_3
PPR
C
PF01535 PPR 117-142 aa PF13812 PPR_3 137-190 aa PF12854 PPR_1 141-174 aa PF13041 PPR_2 145-192 aa PF01535 PPR 148-178 aa PF13041 PPR_2 194-231 aa PF12854 PPR_1 214-246 aa PF13812 PPR_3 214-249 aa PF01535 PPR 221-250 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795018.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 117 142 3.4e-26 90.3 PPR repeat
XP_057795018.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 137 190 3.1e-19 69.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057795018.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 141 174 5.4e-32 109.9 PPR repeat
XP_057795018.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 145 192 1.4e-36 125.1 PPR repeat family
XP_057795018.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 148 178 3.4e-26 90.3 PPR repeat
XP_057795018.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 194 231 1.4e-36 125.1 PPR repeat family
XP_057795018.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 214 246 5.4e-32 109.9 PPR repeat
XP_057795018.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 214 249 3.1e-19 69.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057795018.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 221 250 3.4e-26 90.3 PPR repeat
XP_057795019.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 117 142 3.4e-26 90.3 PPR repeat
XP_057795019.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 137 190 3.1e-19 69.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057795019.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 141 174 5.4e-32 109.9 PPR repeat
XP_057795019.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 145 192 1.4e-36 125.1 PPR repeat family
XP_057795019.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 148 178 3.4e-26 90.3 PPR repeat
XP_057795019.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 194 231 1.4e-36 125.1 PPR repeat family
XP_057795019.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 214 246 5.4e-32 109.9 PPR repeat
XP_057795019.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 214 249 3.1e-19 69.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057795019.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 221 250 3.4e-26 90.3 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939035.1
GGTGAGAATTTGTGAACTAGAAATTAGAAATAGGTTTCACTCTCTCACACTACCGTCTATCTGCTCTCTCTCTGTCTCACTTCGCTCTCCCGTTTTCACTCTCTCTCCGGTCGCCCGTGGCCACGGCCTTGTCGCCTCGGACCTCTCCGTCCAAGCGCCAAGCAGGCAGCACTGCAGCAGTGCGCCGCCCCAGCCCTCGTCCCGCCTCCTTCGGCCTCGTGCCTCCATCCGGTGACTCCGCAGCAGAAGCAACTTGCAAC...
XM_057939036.1
ACTGTACACCTAGGTGGGTGAGAATTTGTGAACTAGAAATTAGAAATAGGTTTCACTCTCTCACACTACCGTCTATCTGCTCTCTCTCTGTCTCACTTCGCTCTCCCGTTTTCACTCTCTCTCCGGTCGCCCGTGGCCACGGCCTTGTCGCCTCGGACCTCTCCGTCCAAGCGCCAAGCAGGCAGCACTGCAGCAGTGCGCCGCCCCAGCCCTCGTCCCGCCTCCTTCGGCCTCGTGCCTCCATCCGGTGACTCCGCAGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131011248
ATGTCGACGGCGCTCAGAACTATACTGCGTTCCACTGGAGCTCGTCTCCTACGGAACACTGCCGCCGCACCCGCACGCTCTTTCTCCGATCAACCTCGTGAACCCATTCCCGACCGCCCACTCAGAAATCAATCCCGATCTTCATCTCGCCCCCGGCAGACCTTTGGGGCAGAAACTGATGCTGATTTTCTTGAAAGATTCAAGCTTGGGCTGGATAGCGACAGCAGTAAAGAAAACCCTAACAAGAGGGAGAGGGAGCC...
LOC131011248
ATGTCGACGGCGCTCAGAACTATACTGCGTTCCACTGGAGCTCGTCTCCTACGGAACACTGCCGCCGCACCCGCACGCTCTTTCTCCGATCAACCTCGTGAACCCATTCCCGACCGCCCACTCAGAAATCAATCCCGATCTTCATCTCGCCCCCGGCAGACCTTTGGGGCAGAAACTGATGCTGATTTTCTTGAAAGATTCAAGCTTGGGCTGGATAGCGACAGCAGTAAAGAAAACCCTAACAAGAGGGAGAGGGAGCC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057795018.1
MSTALRTILRSTGARLLRNTAAAPARSFSDQPREPIPDRPLRNQSRSSSRPRQTFGAETDADFLERFKLGLDSDSSKENPNKREREPVAVDKDSDSVDANEIFKKMKETGLIPNAVAMLDGLCKDGLVQDAMKLFGLMREKGAIPEVVVYTAVVEGFCKAHKLDDAVRIFKKMESNGVVPNAFSYQVLIRGLSLCGEKRLEEAHEFTIAMLEAGHSPNLATFTGLIDGYCREKGLEEAQRVIGEMRHKGFFVEEKAVKEY...
XP_057795019.1
MSTALRTILRSTGARLLRNTAAAPARSFSDQPREPIPDRPLRNQSRSSSRPRQTFGAETDADFLERFKLGLDSDSSKENPNKREREPVAVDKDSDSVDANEIFKKMKETGLIPNAVAMLDGLCKDGLVQDAMKLFGLMREKGAIPEVVVYTAVVEGFCKAHKLDDAVRIFKKMESNGVVPNAFSYQVLIRGLSLCGEKRLEEAHEFTIAMLEAGHSPNLATFTGLIDGYCREKGLEEAQRVIGEMRHKGFFVEEKAVKEY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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