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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000785

染色体: Chr02 坐标: 12901317-12902171 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000785
名称SmilChr02G000785
描述uncharacterized SmilChr02G000785
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向12901317 - 12902171 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008014
GeneID131008014
locus_tag-
NCBI NameLOC131008014
原始查询SmilChr02G000785

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0439900
-
identity=29.2; qcov=0.94; evalue=6.69e-26; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008014

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057790902.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057790902.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057790902.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057790902.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790902.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:12901326 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,B64,C24
Chr2:12901328 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 21 A14,A6,B103,B105,B108,B25,B32,B52,B66,B71,B73,B78,B97,B98,C10,C12,C16,C29,C32,C71,D3
Chr2:12901349 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C46
Chr2:12901349 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr2:12901379 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B103,B105,B66,C10
Chr2:12901381 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B134,B45,B71,D11
Chr2:12901399 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B11,B133,B57,B88,C51,C77
Chr2:12901408 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B133,B16
Chr2:12901416 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:12901421 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr2:12901424 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B6
Chr2:12901424 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934919.1
ATGAGGGCACCAGCTGACCAGAGAGACAGATCCAAGTGGTGCGAGTTTCATGCCGACCATGGACATCGGACAGAGGATTGCATTGCACTAAGATTGGAGGTGGCGCACTTACTCAAAGGAGGTCACCTCACTGAATTCCTAACAGATAAAGGCCAACACACCTTGAACCAAGGAAGGGAGAGACGAGACGAACACAGAGAAGTCACTCCGCCAAAACCGCCCAACCATGAAAGGACAGTCAACGTAATTTCTGGGGGCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008014
ATGAGGGCACCAGCTGACCAGAGAGACAGATCCAAGTGGTGCGAGTTTCATGCCGACCATGGACATCGGACAGAGGATTGCATTGCACTAAGATTGGAGGTGGCGCACTTACTCAAAGGAGGTCACCTCACTGAATTCCTAACAGATAAAGGCCAACACACCTTGAACCAAGGAAGGGAGAGACGAGACGAACACAGAGAAGTCACTCCGCCAAAACCGCCCAACCATGAAAGGACAGTCAACGTAATTTCTGGGGGCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790902.1
MRAPADQRDRSKWCEFHADHGHRTEDCIALRLEVAHLLKGGHLTEFLTDKGQHTLNQGRERRDEHREVTPPKPPNHERTVNVISGGSEVSGITHSAAKRHTRQARSNKAEGDVPGRARTDLPTQTISFQTTESDKLLNPHHDALVISIYIANCLTKRVLIDNGSSANIMFISAFREMGLSESSITKKTAVLIGFSGESKTTVEEIDLPIYAEGANLSTRFLVVDAPSAFNVILGRPWIHDMEAVPSTFHQVVKFPTKWGI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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