当前解析结果
SmilChr02G000786| 统一新 Gene ID | SmilChr02G000786 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G000786 |
| 描述 | putative MO25-like protein At5g47540 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 12913989 - 12918309 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131011259 |
|---|---|
| GeneID | 131011259 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011259 |
| 原始查询 | SmilChr02G000786 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative MO25-like protein At5g47540 |
| 产物 | putative MO25-like protein At5g47540 |
| Arabidopsis | AT5G47540 (AT5G47540)Mo25 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834804] identity=78.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os07g0585100- identity=72.9; qcov=0.991; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0035556 (intracellular signal transduction); GO:0043539 (protein serine/threonine kinase activator activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF08569 (Mo25) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011259 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057795027.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057795027.1 |
| 3 | Cytoskeleton | 细胞骨架 | 0.40000 | XP_057795028.1 |
| 4 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.20000 | XP_057795027.1 |
| 5 | Phragmoplast | Phragmoplast | 0.20000 | XP_057795028.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:12914238 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B109,B41,B82,D2 |
Chr2:12914247 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A23 |
Chr2:12914392 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B33,B46,C60 |
Chr2:12914505 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | A19,B74 |
Chr2:12914505 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A19,B74 |
Chr2:12914955 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B135,B28,B54,B93,C15 |
Chr2:12915542 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B133,B69,B75,B78,C20 |
Chr2:12917497 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B23 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795027.1PF08569
Mo25 5-268 aa
XP_057795028.1PF08569
Mo25 5-337 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795027.1 |
Pfam | PF08569 |
Mo25 | Repeat | 5 | 268 | 1e-94 | 318.3 | Mo25-like |
XP_057795028.1 |
Pfam | PF08569 |
Mo25 | Repeat | 5 | 337 | 1.4e-126 | 423.0 | Mo25-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。