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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000787

染色体: Chr02 坐标: 12945553-12950874 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000787
名称SmilChr02G000787
描述F-box protein CPR1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向12945553 - 12950874 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011260
GeneID131011260
locus_tag-
NCBI NameLOC131011260
原始查询SmilChr02G000787

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box protein CPR1-like
产物F-box protein CPR1-like
ArabidopsisAT4G12560 (CPR1)
F-box and associated interaction domains-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826869]
identity=35.2; qcov=1.07; evalue=9.22e-68; confidence=medium
RiceOs09g0449600 (OsFbox490)
-
identity=28.9; qcov=0.915; evalue=1.38e-24; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00646 (F-box); PF07734 (FBA_1); PF08268 (FBA_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011260

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057795029.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057795029.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057795029.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795029.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795029.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:12946876 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B106,B136,B55
Chr2:12946881 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68
Chr2:12946902 CTA C 2bp_deletion frameshift_variant 1 C19
Chr2:12946902 CTA C 2bp_deletion CDS_variant 1 C19
Chr2:12947098 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B81,B84
Chr2:12947140 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr2:12947207 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B117,B21,B94,C55
Chr2:12947248 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B135
Chr2:12947299 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr2:12947396 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B76,C45
Chr2:12947439 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C42,C85
Chr2:12947455 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B28,B54,B93,C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795029.1
390 aa
N
1
195
390
F-box
FBA_3
FBA_1
C
PF00646 F-box 2-41 aa PF08268 FBA_3 89-337 aa PF07734 FBA_1 93-327 aa
XP_057795030.1
390 aa
N
1
195
390
F-box
FBA_3
FBA_1
C
PF00646 F-box 2-41 aa PF08268 FBA_3 89-337 aa PF07734 FBA_1 93-327 aa
XP_057795031.1
390 aa
N
1
195
390
F-box
FBA_3
FBA_1
C
PF00646 F-box 2-41 aa PF08268 FBA_3 89-337 aa PF07734 FBA_1 93-327 aa
XP_057795032.1
390 aa
N
1
195
390
F-box
FBA_3
FBA_1
C
PF00646 F-box 2-41 aa PF08268 FBA_3 89-337 aa PF07734 FBA_1 93-327 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795029.1 Pfam PF00646 F-box Domain 2 41 2.6e-09 37.3 F-box domain
XP_057795029.1 Pfam PF08268 FBA_3 Repeat 89 337 4.2e-22 79.3 F-box associated beta propeller domain
XP_057795029.1 Pfam PF07734 FBA_1 Repeat 93 327 2.5e-23 83.3 F-box associated beta propeller domain
XP_057795030.1 Pfam PF00646 F-box Domain 2 41 2.6e-09 37.3 F-box domain
XP_057795030.1 Pfam PF08268 FBA_3 Repeat 89 337 4.2e-22 79.3 F-box associated beta propeller domain
XP_057795030.1 Pfam PF07734 FBA_1 Repeat 93 327 2.5e-23 83.3 F-box associated beta propeller domain
XP_057795031.1 Pfam PF00646 F-box Domain 2 41 2.6e-09 37.3 F-box domain
XP_057795031.1 Pfam PF08268 FBA_3 Repeat 89 337 4.2e-22 79.3 F-box associated beta propeller domain
XP_057795031.1 Pfam PF07734 FBA_1 Repeat 93 327 2.5e-23 83.3 F-box associated beta propeller domain
XP_057795032.1 Pfam PF00646 F-box Domain 2 41 2.6e-09 37.3 F-box domain
XP_057795032.1 Pfam PF08268 FBA_3 Repeat 89 337 4.2e-22 79.3 F-box associated beta propeller domain
XP_057795032.1 Pfam PF07734 FBA_1 Repeat 93 327 2.5e-23 83.3 F-box associated beta propeller domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XR_009096821.1
ATTATAAGTGCTTGTAACCGAAAAAGAATAGTACACGATTGACTTCCTTTGGGTATAATAGTGTATAAGGGTATACCTGGCAACCCAGCTCTGGTCTAAAAATCCAGCCCTGGTCCGATTTTCCAGCTCAGCGACGCAATCCCAGCAATGCCCACCCGCTGGTCTGCCCATCCAGCTCTGCATCGCGCTGCTCATCCAACTCTGGATTTCTTGCCCAAAGCTTCTGGATCTTCAAGAGGCAACAATTCCCACAGCTGATG...
XR_009096822.1
ATTATAAGTGCTTGTAACCGAAAAAGAATAGTACACGATTGACTTCCTTTGGGTATAATAGTGTATAAGGGTATACCTGGCAACCCAGCTCTGGTCTAAAAATCCAGCCCTGGTCCGATTTTCCAGCTCAGCGACGCAATCCCAGCAATGCCCACCCGCTGGTCTGCCCATCCAGCTCTGCATCGCGCTGCTCATCCAACTCTGGATTTCTTGCCCAAAGCTTCTGGATCTTCAAGAGGCAACAATTCCCACAGCTGATG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131011260
ATGCCGAATCTGCCGTTTGAGCTCGTCGAGGACATCCTCCGCCGCCTGCCGGTGAAATCGCTCAAGCGCTTCCGCGCTGTCGCGAAAGCGTGGTGCTCTTTGATTGACAGCGAGAATTTCATCAAGCTGCACCTGCGCCAATCGCTGATTTCCATCTCTAATCGGAATCTGATAATCGGCGGCCTAGGCGTTTACAGCGTAGATATGGAGGCGCTCGACAGGGCTCACGTCATCAAGCCGCCGTTCTATTACAAGAGCGT...
LOC131011260
ATGCCGAATCTGCCGTTTGAGCTCGTCGAGGACATCCTCCGCCGCCTGCCGGTGAAATCGCTCAAGCGCTTCCGCGCTGTCGCGAAAGCGTGGTGCTCTTTGATTGACAGCGAGAATTTCATCAAGCTGCACCTGCGCCAATCGCTGATTTCCATCTCTAATCGGAATCTGATAATCGGCGGCCTAGGCGTTTACAGCGTAGATATGGAGGCGCTCGACAGGGCTCACGTCATCAAGCCGCCGTTCTATTACAAGAGCGT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057795029.1
MPNLPFELVEDILRRLPVKSLKRFRAVAKAWCSLIDSENFIKLHLRQSLISISNRNLIIGGLGVYSVDMEALDRAHVIKPPFYYKSVDGISNSCNGIVLVMSDPPVLWNPFSRDYRILPNCSTELQAPFESYGKVAYGFGYDPVSDDYKVVRVAEFRHKITHIWMASETKIYALRSNSWRRIGDFPYPLPFLRGNWRVHVNGAMHTLVEDLDEMDGAVAVIMAFDLRSEKHSPIMMPPGIRLRGVDVSLDVLDGCLCVVC...
XP_057795030.1
MPNLPFELVEDILRRLPVKSLKRFRAVAKAWCSLIDSENFIKLHLRQSLISISNRNLIIGGLGVYSVDMEALDRAHVIKPPFYYKSVDGISNSCNGIVLVMSDPPVLWNPFSRDYRILPNCSTELQAPFESYGKVAYGFGYDPVSDDYKVVRVAEFRHKITHIWMASETKIYALRSNSWRRIGDFPYPLPFLRGNWRVHVNGAMHTLVEDLDEMDGAVAVIMAFDLRSEKHSPIMMPPGIRLRGVDVSLDVLDGCLCVVC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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