Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000794

染色体: Chr02 坐标: 13111159-13114865 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000794
名称SmilChr02G000794
描述cell wall protein RBR3-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向13111159 - 13114865 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008017
GeneID131008017
locus_tag-
NCBI NameLOC131008017
原始查询SmilChr02G000794

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述cell wall protein RBR3-like
产物cell wall protein RBR3-like
ArabidopsisAT1G75390 (bZIP44)
basic leucine-zipper 44 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843875]
identity=50; qcov=0.177; evalue=7.91e-11; confidence=weak
RiceOs02g0132500 (OsbZIP14)
-
identity=50; qcov=0.185; evalue=1.15e-08; confidence=weak
GOGO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008017

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790903.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790903.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790903.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790903.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057790903.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:13111177 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 6 B126,B15,C13,C30,C54,C76
Chr2:13111180 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 3 B108,B127,B140
Chr2:13111180 A AG 1bp_insertion CDS_variant 3 B108,B127,B140
Chr2:13111202 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B134,C30
Chr2:13111211 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,C36,C67,D11,D4
Chr2:13111216 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr2:13111269 CAG C 2bp_deletion frameshift_variant 6 B126,B13,C13,C30,C54,C76
Chr2:13111282 A ACC 2bp_insertion frameshift_variant 1 C36
Chr2:13111282 A ACC 2bp_insertion CDS_variant 1 C36
Chr2:13111286 C CTT 2bp_insertion frameshift_variant 25 A16,B127,B136,B33,B34,B37,B38,B39,B51,B59,B62,B73,B77,B88,B91,B99,C28,C39,C54,C63,C67,C72,C86,C9,D7
Chr2:13111301 G GCT 2bp_insertion frameshift_variant 2 A18,B113
Chr2:13111301 G GCT 2bp_insertion CDS_variant 2 A18,B113

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934920.1
ATGATTAAGAAAGAGAAGGAAAAGGAAGAAAGAGAAGAGGTGGGAAAAGGTGCTGCAGCCATGCCCATTGGCTGGGCAGCCGAAAGGCCACCCCCTTTCCCCACGCAAAGCAGCAGCAGCAGCAGCTCCTCCCCCCCCATTGGGCAGCAGCCGAAGAGCCGCACGCCACCTCCACAGCACGGCAGCAACAGCGGCAGCAGAGCAGCAGCAGCTCCTCCATTGGGCGAGCAGCTGAAACGCCTCCCCCTCTCCCACGCCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008017
ATGATTAAGAAAGAGAAGGAAAAGGAAGAAAGAGAAGAGGTGGGAAAAGGTGCTGCAGCCATGCCCATTGGCTGGGCAGCCGAAAGGCCACCCCCTTTCCCCACGCAAAGCAGCAGCAGCAGCAGCTCCTCCCCCCCCATTGGGCAGCAGCCGAAGAGCCGCACGCCACCTCCACAGCACGGCAGCAACAGCGGCAGCAGAGCAGCAGCAGCTCCTCCATTGGGCGAGCAGCTGAAACGCCTCCCCCTCTCCCACGCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790903.1
MIKKEKEKEEREEVGKGAAAMPIGWAAERPPPFPTQSSSSSSSSPPIGQQPKSRTPPPQHGSNSGSRAAAAPPLGEQLKRLPLSHATQCQPELPPFGTQGLRIRDHDLPQSAAPAAKSHPSSATGSPYSRPVGSPTVSASPRRRTAGAVSALGSSSGRRSHLQKQKHMEELMAQVAELHRQNHQILTSLRATTQHHVAVESENAASDLGFPQQNPLAPPPEPPDPHQPSRHPPSSDPILYCLRQICRSVGSSWPRQICPA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器