当前解析结果
SmilChr02G000795| 统一新 Gene ID | SmilChr02G000795 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G000795 |
| 描述 | uncharacterized mitochondrial protein AtMg00810-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 13140986 - 13141399 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131008018 |
|---|---|
| GeneID | 131008018 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008018 |
| 原始查询 | SmilChr02G000795 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | ATMG00810- identity=33.3; qcov=0.92; evalue=1.67e-21; confidence=low |
| Rice | Os08g0125300- identity=37.5; qcov=0.934; evalue=1.15e-26; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07727 (RVT_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008018 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057790904.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057790904.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790904.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790904.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057790904.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:13141009 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B109,B82,D2 |
Chr2:13141030 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B8 |
Chr2:13141039 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B88 |
Chr2:13141054 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A18,B131,B26,C13,C77 |
Chr2:13141069 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 5 | A6,B32,B83,B9,C47 |
Chr2:13141069 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A6,B32,B83,B9,C47 |
Chr2:13141088 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C30 |
Chr2:13141129 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B81,B84 |
Chr2:13141185 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B81,B84 |
Chr2:13141188 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B11,C11,C86 |
Chr2:13141199 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 51 | A1,A19,A22,A23,A8,B100,B115,B12,B120,B126,B127,B137,B14,B17,B25,B27,B30,B34,B37,B38,B39,B42,B43,B58,B65,B68,B70,B74,B76,B8,B97,B98,C17,C24,C33,C34,C40,C45,C47,C50,C54,C55,C56,C59,C65,C74,C77,C8,C82,C9,D10 |
Chr2:13141200 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 51 | A1,A19,A22,A23,A8,B100,B115,B12,B120,B126,B127,B137,B14,B17,B25,B27,B30,B34,B37,B38,B39,B42,B43,B58,B65,B68,B70,B74,B76,B8,B97,B98,C17,C24,C33,C34,C40,C45,C47,C50,C54,C55,C56,C59,C65,C74,C77,C8,C82,C9,D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790904.1PF07727
RVT_2 2-61 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790904.1 |
Pfam | PF07727 |
RVT_2 | Domain | 2 | 61 | 8.8e-08 | 32.7 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。