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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000799

染色体: Chr02 坐标: 13379253-13381791 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000799
名称SmilChr02G000799
描述probable long-chain-alcohol O-fatty-acyltransferase 5
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向13379253 - 13381791 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011271
GeneID131011271
locus_tag-
NCBI NameLOC131011271
原始查询SmilChr02G000799

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable long-chain-alcohol O-fatty-acyltransferase 5
产物probable long-chain-alcohol O-fatty-acyltransferase 5
ArabidopsisAT3G51970 (ASAT1)
acyl-CoA sterol acyl transferase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824360]
identity=44.6; qcov=0.96; evalue=1.38e-92; confidence=medium
RiceOs02g0454500
-
identity=38.3; qcov=1.01; evalue=1.81e-71; confidence=medium
GOGO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0008374 (GO:0008374)
KEGG-
PfamPF13813 (MBOAT_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011271

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057795038.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057795038.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795038.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795038.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795038.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:13380647 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr2:13380711 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,C45
Chr2:13380856 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B127,B32,B75,B99,C87
Chr2:13381010 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:13381047 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr2:13381092 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B81,B84
Chr2:13381104 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B82,D2
Chr2:13381117 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30
Chr2:13381329 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,B135

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795038.1
350 aa
N
1
175
350
MBOAT_2
C
PF13813 MBOAT_2 181-267 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795038.1 Pfam PF13813 MBOAT_2 Family 181 267 4.6e-20 72.4 Membrane bound O-acyl transferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939055.1
CTAAAAGACATATCATAAATAAGTGGAGTAAATACAGACACACAACTACTCTAGAGAGAGAGATATCAACAAGAATGGCTATGACCTCATAAATAAGTAGAGCTAGAAAATCATACTTCACACACACAAGTAAAAGAGACTAGTGATGGAAGGGGAGATCAACAACTTGATCCTAGTTTGGAGCATCGTAGTTGCCTCCTTATGCTACACCCACAAAGTAGGCGAAATCTTCCCCACCGGAAAACCAAGAATCATAGCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011271
ATGGAAGGGGAGATCAACAACTTGATCCTAGTTTGGAGCATCGTAGTTGCCTCCTTATGCTACACCCACAAAGTAGGCGAAATCTTCCCCACCGGAAAACCAAGAATCATAGCAATCTCCCCAATAATATGCCTCTTCCTTGCCCTTCCTCTCAACTTCACCTCCATACATTTCGCAGGCATCACTTCCTTCTTCATCTCATGGCTTGCAAGCTTCAAACTCATGCTCTTCGCCTTCAACCAAGGCCCCCTCTCATCCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795038.1
MEGEINNLILVWSIVVASLCYTHKVGEIFPTGKPRIIAISPIICLFLALPLNFTSIHFAGITSFFISWLASFKLMLFAFNQGPLSSHPPIPLSRFIPLACFPIKIQQQQQHPKISPHKSSPLNHFTKIIILALLIRIYAYKSHIHPHIILLCYSLHMYLMLEMILAVFAAVVKSLLRVELEPQFNEPYLATSLQDFWGRRWNLMVSNILHPTVYRPVRSVAARFVPGKWAGIPAVLATFLVSGLMHELIFYNIGRLRPTG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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