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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000801

染色体: Chr02 坐标: 13392078-13396372 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000801
名称SmilChr02G000801
描述putative 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase 2
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向13392078 - 13396372 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011272
GeneID131011272
locus_tag-
NCBI NameLOC131011272
原始查询SmilChr02G000801

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase 2
产物putative 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase 2
ArabidopsisAT5G16450 (AT5G16450)
Ribonuclease E inhibitor RraA/Dimethylmenaquinone methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831506]
identity=86.1; qcov=1; evalue=1.52e-105; confidence=high
RiceOs01g0722800
-
identity=85.3; qcov=0.982; evalue=1.31e-104; confidence=high
GOGO:0008428 (ribonuclease inhibitor activity); GO:0051252 (regulation of RNA metabolic process)
KEGG-
PfamPF03737 (RraA-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011272

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057795039.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057795039.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057795039.1
4 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057795039.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795039.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:13392336 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr2:13392340 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr2:13392346 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 4 A24,B113,C70,C8
Chr2:13392346 GC G 1bp_deletion CDS_variant 4 A24,B113,C70,C8
Chr2:13392429 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,B55
Chr2:13392444 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,B139
Chr2:13392571 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 19 A3,B100,B24,B40,B48,B5,B58,B74,B85,B94,B99,C13,C31,C39,C48,C78,C87,D3,D6
Chr2:13392600 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B94
Chr2:13392600 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 B94
Chr2:13392639 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 55 A1,A11,A2,A21,A23,A24,A5,A6,B1,B113,B118,B12,B123,B129,B137,B14,B19,B20,B22,B23,B32,B36,B41,B55,B59,B6,B64,B70,B73,B76,B79,B82,B84,B94,C15,C24,C28,C32,C34,C36,C37,C45,C50,C61,C68,C70,C73,C74,C76,C8,C9,D1,D10,D3,D5
Chr2:13392656 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C41,C81
Chr2:13392720 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795039.1
166 aa
N
1
83
166
RraA-like
C
PF03737 RraA-like 6-159 aa
XP_057795040.1
166 aa
N
1
83
166
RraA-like
C
PF03737 RraA-like 6-159 aa
XP_057795041.1
166 aa
N
1
83
166
RraA-like
C
PF03737 RraA-like 6-159 aa
XP_057795042.1
166 aa
N
1
83
166
RraA-like
C
PF03737 RraA-like 6-159 aa
XP_057795043.1
166 aa
N
1
83
166
RraA-like
C
PF03737 RraA-like 6-159 aa
XP_057795044.1
166 aa
N
1
83
166
RraA-like
C
PF03737 RraA-like 6-159 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795039.1 Pfam PF03737 RraA-like Family 6 159 7.8e-44 150.2 Aldolase/RraA
XP_057795040.1 Pfam PF03737 RraA-like Family 6 159 7.8e-44 150.2 Aldolase/RraA
XP_057795041.1 Pfam PF03737 RraA-like Family 6 159 7.8e-44 150.2 Aldolase/RraA
XP_057795042.1 Pfam PF03737 RraA-like Family 6 159 7.8e-44 150.2 Aldolase/RraA
XP_057795043.1 Pfam PF03737 RraA-like Family 6 159 7.8e-44 150.2 Aldolase/RraA
XP_057795044.1 Pfam PF03737 RraA-like Family 6 159 7.8e-44 150.2 Aldolase/RraA

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939056.1
ACATCTCTCAGTCCCATCTACCTCTTTAAAACAACCTCACCACTTCACCCATTTTCTGATCTCTCACGCTCAATTCCTGCAGCAAAGTTTACTTCACCCATTTCTGATCTCTCACACTCAATTCCTGCAGCCAAGTTTCACGAAACAAACATCCTACACCAACTACTCAAGGTTACTGATCTAGGATGGCCTTGGTCACAACAGCTGAAGTGTGTGATACTAATCCGCAACTTATAGTGAGTGGTGAACTCCGAGCACTC...
XM_057939060.1
ACATCTCTCAGTCCCATCTACCTCTTTAAAACAACCTCACCACTTCACCCATTTTCTGATCTCTCACGCTCAATTCCTGCAGCAAAGTTTACTTCACCCATTTCTGATCTCTCACACTCAATTCCTGCAGCCAAGTTTCACGAAACAAACATCCTACACCAACTACTCAAGTGTGATACTTCAAGCCAAGCAAATAGGCTACTAGTTTTTCAGACTTGCAGGTTACTGATCTAGGATGGCCTTGGTCACAACAGCTGAAG...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131011272
ATGGCCTTGGTCACAACAGCTGAAGTGTGTGATACTAATCCGCAACTTATAGTGAGTGGTGAACTCCGAGCACTCCATCCAATTTTCCAGATTTATGGTAGGCGGCAAGTGTTCTCCGGCCCAGTTGTTACTTTGAAAGTGTTTGAAGATAATGTTTTGGTACGTGAGTTTCTTGAGGAGAAGGGCAATGGAAGGGTTCTTGTTGTTGATGGAGGTGGTAGTTTGAGATGCGCGATATTGGGTGGTAACCCGGTTGTACA...
LOC131011272
ATGGCCTTGGTCACAACAGCTGAAGTGTGTGATACTAATCCGCAACTTATAGTGAGTGGTGAACTCCGAGCACTCCATCCAATTTTCCAGATTTATGGTAGGCGGCAAGTGTTCTCCGGCCCAGTTGTTACTTTGAAAGTGTTTGAAGATAATGTTTTGGTACGTGAGTTTCTTGAGGAGAAGGGCAATGGAAGGGTTCTTGTTGTTGATGGAGGTGGTAGTTTGAGATGCGCGATATTGGGTGGTAACCCGGTTGTACA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057795039.1
MALVTTAEVCDTNPQLIVSGELRALHPIFQIYGRRQVFSGPVVTLKVFEDNVLVREFLEEKGNGRVLVVDGGGSLRCAILGGNPVVQAQNNGWAGIIVNGCIRDVDEINGCDIGVRALASHPIKANKKGVGEKHVPVNIAGTRICDGEWMYVDTDGILVSKTELSV
XP_057795040.1
MALVTTAEVCDTNPQLIVSGELRALHPIFQIYGRRQVFSGPVVTLKVFEDNVLVREFLEEKGNGRVLVVDGGGSLRCAILGGNPVVQAQNNGWAGIIVNGCIRDVDEINGCDIGVRALASHPIKANKKGVGEKHVPVNIAGTRICDGEWMYVDTDGILVSKTELSV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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