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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000811

染色体: Chr02 坐标: 13604398-13606703 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000811
名称SmilChr02G000811
描述uncharacterized SmilChr02G000811
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向13604398 - 13606703 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008021
GeneID131008021
locus_tag-
NCBI NameLOC131008021
原始查询SmilChr02G000811

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008021

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057790908.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057790908.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.60000 XP_057790908.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057790908.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057790908.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:13604526 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C56
Chr2:13604555 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B72,C3
Chr2:13604574 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 7 A21,A24,A7,B10,B94,C3,C41
Chr2:13604615 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 52 A23,A8,B102,B106,B117,B118,B124,B126,B128,B129,B137,B16,B18,B21,B24,B27,B31,B5,B54,B55,B56,B6,B62,B77,B83,B88,B90,B94,C13,C14,C23,C25,C27,C31,C33,C34,C37,C42,C44,C45,C47,C50,C55,C57,C60,C61,C64,C66,C75,C78,C8,C83
Chr2:13604646 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B65,C87
Chr2:13604677 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,B30
Chr2:13604678 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24
Chr2:13604717 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18
Chr2:13604749 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B120,B30,B84,C50
Chr2:13604760 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B90
Chr2:13604773 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B10,B137,B88,C75
Chr2:13604802 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B58,B65,B98,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934925.1
ATGGGAGGTAACATAGCTAGGAAGACTGCAGCAGAGCTGAAGGAGATATTCAAGACCTTAGCCAAGAGCTCACAACAGAAATCGGTCCGTGGGAAAAGAGTTGAGGCCAGCTCTGTGACGCAACAGTTTGAGCTGCAGAAGCAAGTAGCTGATCTTGTGAGACAAGTGGAGCATCTTAAGATGGGTAAGATGGACACACCTCCCGTCCCGGTGCAGAATTCAGCTATGCAGCATGCAGCGCTGCCAAATGTTGAGCCTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008021
ATGGGAGGTAACATAGCTAGGAAGACTGCAGCAGAGCTGAAGGAGATATTCAAGACCTTAGCCAAGAGCTCACAACAGAAATCGGTCCGTGGGAAAAGAGTTGAGGCCAGCTCTGTGACGCAACAGTTTGAGCTGCAGAAGCAAGTAGCTGATCTTGTGAGACAAGTGGAGCATCTTAAGATGGGTAAGATGGACACACCTCCCGTCCCGGTGCAGAATTCAGCTATGCAGCATGCAGCGCTGCCAAATGTTGAGCCTTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790908.1
MGGNIARKTAAELKEIFKTLAKSSQQKSVRGKRVEASSVTQQFELQKQVADLVRQVEHLKMGKMDTPPVPVQNSAMQHAALPNVEPCGICGDFSHGANECHRMGEFTPEGQAEVYAAQGFQGYNQGPSRPGFVQNYNQGQSRPQNYNQGQNGNNGWRGQQPYAPQQNFSQQYPPRYQQQGNFQPAQQHAQPQKSSLEDTLQQQQQPGKFHGQPLQTHQALAITALEEQTWIPEQAWIPEKTRIPELTWMPEPTTVLEQKK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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